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明朝中葉以後，內閣之中還出現了首輔、次輔和群輔的明確區別。首輔又叫&ldo;首投&rdo;，主持內閣大政，位極人臣，為內閣首席閣臣，一切朝政皆歸其排程，次輔和群輔都要聽其行事，不敢與之相爭。當時皇帝發布號令的程式是，先由皇帝口述旨意，然後由宮內的司禮監的秉筆太監用硃筆記錄（稱批紅）後，交給內閣，再由內閣首輔按照&ldo;批紅&rdo;擬成詔諭（稱&ldo;票擬&rdo;，亦稱&ldo;條旨&rdo;或&ldo;調旨&rdo;，即用小票寫所擬之批答，以備皇帝硃筆批答）。很明顯，首輔的權力遠大於其他的閣臣。這種情況直到出現太監專權的時候，首輔開始聽令於內侍，其權力才開始被削弱。嘉靖朝，夏言、嚴嵩等內閣首輔的權威很大，已成為實際上的宰相，而內閣成為了事實上的全國行政中樞機構。
隨著內閣的演變，內閣權力由輕而重，對明朝的政治活動有很大的影響。首先，內閣與中央機構中的六部的關係就必然要發生轉變。前面已經提過，按明朝官制，內閣與朝廷的大多部門沒有任何隸屬關係，六部分理天下事務，直接對皇帝負責，內閣大學士不許實際掌握六部事務。永樂時期，由於內閣初創，內閣官員品秩不高，和六部官員在一個層次上，矛盾還不是很明顯。但到了明朝中後期，自嚴嵩開始，內閣開始逐漸侵蝕六部的權力，特別是張居正擔任內閣首輔時，他與皇太后及宮內的大太監馮保勾結控制了皇帝，使得六部的權力都歸於內閣，閣權一度凌駕於部權之上。這種改變明顯違反了明太祖朱元璋的祖制，又涉及到實際的權力爭奪，自然引起了六部的極大不滿，為了各自的利益，內閣與六部之間形成了激烈的紛爭。當時，內閣官員經常利用所掌握的對官吏的考察任選權排除異己，如嚴嵩就將文武大臣的升遷操縱在自己手中，就連歷史上頗有清名的張居正，也經常利用考察官員之機，剷除異己分子。並且，內閣為了把持朝政，壓制部、院，還經常勾結皇宮內的宦官一起對付政敵，結果助長了明朝的閹禍，這也是明朝宦官為害深重的一個重要誘因。
可以說，明朝統治者為解決宰相難題而設立的內閣，卻使得各官僚集團爭奪權力的鬥爭空前激烈，造成明朝黨爭異常激烈。明朝的黨爭，也就是官員結黨為朋，互相攻擊。這其中，言官制度（主要是都察院及六科給事）是一個重要因素。言官們經常以朝廷輿論作為自己的標榜，透過向皇帝進言勸諫，來影響皇帝對某一問題的看法。這一制度很受明朝皇帝的重視，因此言官就成為了內閣與六部等鬥爭的打手，內閣和六部都極力籠絡言官，利用他們進行互相攻擊，如果遇到與自己政見不同的政敵，便授意言官群起而攻之。從明朝中期起，這種爭鬥越來越激烈，到了明末更是形同水火，出現了&ldo;內閣所是，外論必以為非，內閣所非，外論必以為是&rdo;的政治格局。
明朝的黨爭中以內閣之中的紛爭最為激烈。按說，作為飽受儒家文化的薰陶，以&ldo;仁、義、禮、智、信&rdo;自居計程車大夫，應該以仁為本，與人為善，為國效忠，但是在內閣制度下的殘酷的權力之爭中，弱肉強食，幾乎每個人都拉幫結派，培植自己的勢力，以自己的好惡為準繩，對權力慾望的追求使他們變得冷酷無情，非要置政敵於死地而後快。從心狠手辣上講，這些內閣大臣們比文化不高的武將和不通文墨的宦官毫不遜色。按明朝官制，閣臣只能由三品以上的大臣透過共同推舉產生，而大臣一旦入閣，便可向上接近天子，向下傲視百官。在明朝，內閣並沒有定員定製，多時有七、八人入閣，少的時候只有三、四人或二、三人，特別是明朝中期以後有了首輔、次輔、群輔之分，首輔位高權重，可謂一個人說了算，其他人只能參與討論，這就使得對首輔的爭奪更加激烈。為此，閣臣們聯朋結黨，攀
