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責海外情報的調查二課改為國際企劃課，名稱變了，組織繼續存在。其他的自衛隊諜報部隊雖然答應“與情報本部密切配合”，卻不歸其管轄。如何協調仍舊是個大問題；
另一方面，日本國內還有人擔心：新的諜報組織十分龐大，一旦監察放鬆，便有可能坐大成為干涉內政與外交的一個強力機構，關於這一點，日本已經有過許多歷史的教訓。有的日本學者指出，把諜報機構全部集中統一管理，這種體制會導致出現控制和濫用諜報活動和擴大情報作用的現象，以至於危及文官體制，造成難於控制的局面。
當然，情報本部的成立，畢竟還是增強了日本諜報組織的實力。提高了日本在世界諜報界的地位。西方情報界認為，以成立“防衛廳情報本部”為契機，日本將躋身世界諜報強國之列。這對全球軍事情報活動來說，無疑是一個巨大的衝擊，並預料世界情報戰將因此進一步加劇。
警察廳的情報系統（1）
日本政府於1954年7月設立國家公安委員會，下設日本警察廳。
日本警察廳是全國警察系統的最高領導機構，警察廳長宮直接對首相負責。警察廳本部的長宮、次長之下，設立長官官房、警務局、刑事局、交通局、警備局、通訊聯絡局，以及刑事局的保安部等7個部門。並在全國設定7個管區警察局，管理各個都道縣府縣警察機構的活動。
在日本警察機構中，對外進行間諜情報活動的部門，主要是日本警察廳的警備局與東京都警視廳的公安部，他們同時也負有反間諜的任務。各地方警察機構中的公安部，也負責諜報和反間諜活動。
警察廳警備局
日本警察廳警備局是日本隸屬於警察廳的主要治安情報機關，其主要任務是：
負責對政府、政黨要人的警衛和重大###的警備；
負責對本國一些政治團體進行情報和偵防工作；
負責蒐集國內外反間諜和保安反面的情報；
負責監視、偵破在日本的外國人的違法行為。
日本警察廳警備局與內閣情報調查室、宮安調查廳和防衛廳的情報部門都有業務上的聯絡。
警察廳警備局的主要機構是在局長、審議官下設有：
公安一課：負責蒐集左翼、工會等團體的情報；
公安二課：負責對付右翼的工作和對政黨要人的警衛工作；
公安三課：負責蒐集極“左”過激集團的情報和偵查工作；
警備課：主要負責警備和使用機動部隊、保衛重要人物等工作。為了獨立蒐集情報，該課的警備一室內專門建立了一支從事蒐集警備情報的部隊。此外，還有一個專門對付日本恐怖主義組織“赤軍”的專業班子；
外事課：負責蒐集、整理設計外國人的警備情報及有關事務，見是共產黨國家訪日代表團及在日常駐的人員和外僑，偵破駐日外國人的“違法”活動。該課還把年輕的“優秀者”派遣到國外去，以日本駐外使館的“秘書”身份進行情報活動。這個課被認為是“人們所不瞭解的最輕的情報機關”。該課的情報網遍及全日本各地。
調查課：負責保管公安資料，並擔負涉外任務。
東京都警視廳公安部
警視廳是日本首都東京的警察機關，成立於1952年4月，直屬日本警察廳管轄。
警視廳下設8個部，其中公安部視警視廳的一個重要部門，它的主要任務是對共產黨、極左派和極右派的過激派、工會、文化團體以及在日本的外國人進行偵察和監視。
警視廳公安部在部長、參視官以下設有：
公安一課：負責對極左過激團體的情報蒐集和偵查工作；
公安二課：負責處理勞務糾紛；
