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1995年8月，日本防衛廳又作出決定，將情報委員會改建為參謀長聯席會議的“情報本部”，以便使陸海空三軍自衛隊等各自進行的軍事形式和戰略情報調查分析業務一元化。1996年5月，經日本國會批准，情報本部正式成立。情報本部的成立，是具有深刻的國內外原因的：
從日本國內的情況來看，這是日本間諜情報工作深入發展的必然。在過去相當長一個時期裡，日本諜報機構雖然不少，但互不統轄，缺乏統一的管理。如防衛廳的調查一二課，陸海空三軍參謀部的調查部，往往各行其是，缺乏橫向聯絡，甚至以鄰為壑，不願意互相提供情報，這種混亂狀態不僅使日本的情報蒐集、分析整理工作效率低下，甚至有時會誤事。1994年朝鮮向日本海試射中程導彈時，事前日本方面一無所知，最後還是從美國方面獲悉這一情報的；像蘇聯解體等國家級的戰略情報，更遠不及美國的國防部情報局或英國的秘密情報局的諜報蒐集能力；阪神大地震時，日本諜報部門也曾因管理不佳招致國內輿論界的批評。
從大的環境看，日本情報本部的建立，是與冷戰後的世界形勢分不開的。蘇聯解體後，日本的軍事戰略由過去主要對付蘇聯轉向周邊地區的“多元化威脅”，新簽署的日美安保條約更是把原來的防衛區從“遠東”擴大到整個亞太地區。這些都要求把日本的自衛隊建設成“合理、高效、精幹”的軍隊。正是為了適應這種擴大了的諜報需求，情報本部應運而生。
防衛廳的情報系統（3）
新成立的情報本部總部設在東京的澀谷。這裡一直以日本陸軍大本營而聞名，在體制上，情報本部設在參謀長聯席會議之下，接收由防衛廳事務次官、防衛局長、參謀長聯席會議主席、陸海空自衛隊參謀長組成的“防衛情報委員會”的集體領導。 該部的全部編制為1582人，以陸上自衛隊參謀部第二部“別室”為主。首任情報本部本部長國見昌宏1965年畢業於防衛大學，長期在陸上自衛隊的諜報部門工作，曾在日本駐華大使館擔任過武官。
情報本部下設五個部：總務部和計劃部是管理部門、影象部、電訊部和分析部是核心機構。
影象部 是由以前分散在自衛隊各參謀部的人造衛星影象分析部門集中而成，是新組織的拳頭機構，主要工作是衛星影象；
電訊部350人，是情報本部中最大的機構。除在澀谷本部的工作人員外，還在日本其他地區設有六個通訊站。他們目前正在進行的“通訊情報”業務將成為情報本部的核心工作；
將以上情報和駐外武官的報告、美國等盟國的情報、合作者提供的情報等集中在一起，對其進行分析的“大腦”機構是分析部。它對情報的意義和價值進行分析評估。
據日本諜報研究專家稱，經情報本部統一後的諜報工作有三大優點：第一、透過組織一體化，提高諜報活動的能力和情報分析的質量；第二，可以集中力量，培養優秀的專業諜報人員，並使他們的工作效率進一步提高；第三，加大向政府各部門提供相關情報的力度。特別是情報本部長可以直接送達內閣，這有助於提高政府的危機處理能力。
但是，在日本國內，對本報本部的成立也並非全是一片叫好之聲：
一方面，由於自衛隊成立以來已經持續近半個世紀的各諜報組織之間的鬆散和惰性，各參謀部的不同風氣和各諜報組織之間的明爭暗鬥，情報本部能在多大程度上實現一元化領導，似乎還是一個很難說得清的問題。特別是新組織的成立，只是把過去的部分舊人，轉移到情報本部。各參謀部的調查部或調查課，仍將依舊進行戰術水平的情報分析，通訊站以外的諜報部隊，也幾乎原樣留在各參謀部的指揮下。防衛廳的防衛局把負責國內情報的調查一課，形式上改為調查課。負
