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而且李自成也好、羅汝才也罷，都還算有點軍事水平，還有李定國、孫可望以及李過，都是不錯的將領，在建虜入關後，也毅然決然的選擇了聯明抗虜。
倘若都讓他們回家種地了，實在是可惜。
念及此，崇禎皇帝就給孫傳庭寫了一封信，讓其將著人將全部俘虜押送到京城來，還特地讓孫傳庭將流寇的一應戰馬、軍械一併帶來。
崇禎的想法是，乾脆不要將這支部隊呆在關內，待他召見之後略施隆恩，隨便給個官職發配到關外去騷擾建虜。
甚至明面上的說辭崇禎皇帝都想好了，贖罪，贖他們在關內禍亂八年的罪過，但凡能給建虜造成些麻煩，崇禎皇帝都在所不惜。
孫傳庭倒是也沒讓崇禎皇帝等太久，沿途快馬傳遞之下，僅僅過了不到二十天，崇禎皇帝就收到了孫傳庭的回覆。
流寇降卒問題倒是不大，這些流寇早就被孫傳庭打怕了，再加上朝廷一直在山陝兩地花費巨資賑災，流寇沒有了兵源和造反的土壤，在得知不用死的情況下，倒是都十分老實。
倘若不出岔子，大概半個多月後押送他們的隊伍就能抵達京城。
但是孫傳庭卻給崇禎帶來了個壞訊息，而且是很壞很壞的訊息，壞到即便崇禎皇帝做足了心理準備，仍舊是坐臥不安。
“王大伴兒，那吳又可還沒找到嗎？”崇禎皇帝不滿道。
孫傳庭的信裡只是寥寥提了幾句，說近來秦兵駐地以及太原府周圍的村莊，多有百姓因為發熱、嘔吐而亡，死狀甚是恐怖，臉部發紫、七竅流血。
孫傳庭並沒有意識到問題的嚴重性，但是崇禎皇帝卻知道，這可不是什麼小病，而是肆虐歐亞大陸數十年，造成上億人死亡的可怕瘟疫，也就是鼠疫，在歐洲它還有個別稱——黑死病。
這種病傳播途徑廣泛，不僅可以透過接觸傳播，還可透過飛沫、血液、口水，以及蚊蟲叮咬等途徑傳播，而且潛伏期非常短，基本兩三天左右，有時候早上還是好好的，晚上人就沒了。
一旦感染了鼠疫，在沒有可靠的藥物治療的情況下，死亡率高達百分之八十。
崇禎皇帝之所以一直在找吳又可，正是因為這鼠疫，倘若放任不管，鼠疫會在接下來的十年、甚至更長的時間裡，殺死大明至少上千萬人。
明史裡有著明確記載，觀者無不觸目驚心：
在大名府，春無雨，蝗蝻食麥盡，瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶。
在潞安府，病者先於腋下股間生核，或吐淡血即死，不受藥餌。雖親友不敢問吊，有闔門死絕無人收葬者。
在京城，有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。
鼠疫實在是比流寇，甚至比建虜都更有破壞性，而且這種破壞性是永久性的，基本傳到一個村子，一個村子死絕。
崇禎皇帝雖然知道一些防疫的招式，譬如戴口罩、勤洗手、少走動，對患者進行集中隔離等等。
但他畢竟是外行，而且這時又沒有後世的條件，甚至連個醫院都沒有，更別說那麼多先進的儀器。
他需要一個懂醫學、懂藥理，又懷有醫者仁心的人，根據他對傳染病的淺顯理解，代他去深入病患區防疫，而吳又可無疑是最合適的一個人。
吳又可是中國“溫疫學派”的創始人，為了研究鼠疫，從崇禎十四年到十七年，從南方隻身趕赴山陝、北直隸等重災區，幾乎親歷了每次疫情，推究病源，潛心研究，最終根據實際的治療經驗撰寫成功了《瘟疫論》。
他以畢生的治疫經驗和體會，大膽提出“癘氣”致病之學說，在世界傳染病醫學史上也是一個偉大的創舉，因此贏得後人的廣泛尊重。
