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於是以朱允炆為首，換上袈裟，藏好度牒，在數名大臣的保護下，來到鬼門。這鬼門在太平門內，是內城一矮門，僅容一人出入，外通水道。朱允炆等人鑽過鬼門，門外正好有一艘小船，於是一行人得以逃出南京，潛至西南削髮為僧，行蹤遍及滇、黔、巴、蜀等地[22]。
這是個流傳很廣的傳說，聽起來煞有其事，令人真假難辨。據說朱允炆避難貴州時，還作了兩首詩：風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。
鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。
紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。
遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
閱罷楞嚴磬懶敲，笑看黃屋寄團瓢。
南來瘴嶺千層回，北望天門萬裡遙。
款段久忘飛鳳輦，袈裟新換袞龍袍。
百官此日知何處？惟有群鳥早晚朝。
頗為符合一個流亡皇帝的身份。
對於明成祖朱棣的新王朝而言，朱允炆的生死是個極為敏感的話題。朱棣將在大火中找到的兩具屍體當作朱允炆與皇后馬氏下葬，但他內心深處也對朱允炆之死很懷疑‐‐
朱允炆當政時，曾以西域青玉琢制為璽，且改八字、四字之古制[23]，璽文曰：&ldo;天命明德，表正萬方，精一執中，宇宙永昌。&rdo;一共十六字，命名為&ldo;凝命寶&rdo;。朱棣佔領南京後派人仔細搜查，始終未能找到凝命寶。皇宮雖然起火，卻不會將玉璽燒化，只可能是朱允炆隨身帶出了宮，以圖日後東山再起大事。
朱棣心中起疑，但並不明說，依舊將那具被稱為朱允炆的屍體以天子禮斂葬，以安天下。但他心中難安，於是派戶科都給事中[24]胡濙，配上認識朱允炆麵貌的內侍朱祥，以尋訪傳奇道士張三豐的名義，從陸路遍訪各州、郡、鄉、邑，打探朱允炆下落。自此，胡濙欽承上命，巡歷四方，東南涉於海隅，西北旋轉於沙漠，海內郡縣，罔不周流。江西龍虎山天師教第四十三代天師張宇初也曾暗中受命尋訪朱允炆。
永樂二年（1404年），又有謠傳說朱允炆已經逃亡海外，朱棣開始籌劃派親信宦官鄭和領兵浮海，遠巡西洋，這就是歷史上著名的&ldo;鄭和下西洋&rdo;，但也未查到朱允炆下落。
由於擔心出逃的朱允炆與建文舊臣裡應外合，朱棣對不肯歸附者採取了血腥的屠殺政策，對於那些不肯歸附的建文舊臣進行了誅戮，名臣方孝孺、鐵鉉等人均被處死，且手段極為殘酷暴虐，令人髮指。
方孝孺死得尤其慘烈。朱棣率軍離開北平時，其主要謀臣道衍曾經秘密請求道：&ldo;殿下至京，希望保全方孝孺。若殺此人，則天下讀書種子絕矣。&rdo;實際上，方孝孺是天下名儒，道衍是擔心殺掉他，將會引起士人的反感。朱棣滿口答應。
佔領南京後，朱棣特意請方孝孺上殿擬寫登基詔書，方氏堅決不從，朱棣又派方孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反被方孝孺痛斥一頓。最後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺便穿著一身重孝服上殿，一進來就大哭不已。
對於正在興頭上的朱棣來說，實在敗興得很。但他卻裝出頗受感動的樣子，走下殿來親自慰問道：&ldo;先生不要難過了！朕本來是要效法周公輔成王的。&rdo;
方孝孺答道：&ldo;成王在哪裡？&rdo;朱棣道：&ldo;他自焚死了。&rdo;
方孝孺復道：&ldo;為什麼不立成王的兒子當皇帝？&rdo;朱棣道：&ldo;國家要依賴年長的君主來治理。&rdo;
方孝孺進一步逼問道：&ldo;那為什麼不立成王的弟弟？&rdo;
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