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了削弱阿剌知院的勢力，將對方的兩個兒子派往西部邊境駐守，同時派自己的一個兒子跟隨前往。
途中，阿剌知院次子突然中毒身死。阿剌知院猜想這是也先所為，立即要求調回長子。結果在回來的途中，其長子又被也先派人毒死。阿剌知院痛失二子，勃然大怒，勒其部落兵三萬攻擊也先，數其三罪，並道：&ldo;漢兒血在汝身上，脫脫不花血在汝身上，兀良哈血在汝身上。天道好還，血在我矣。&rdo;
也先無以對答，只派人與阿剌知院約好再戰。阿剌知院趁也先出獵時，率部眾突然襲擊。也先猝不及防，被打得大敗，率騎兵數十人倉皇逃走。逃到蒙古商人阿蠻歇宿的部落時，湊巧當地部落首領是錫古蘇臺的狂熱崇拜者，遂發動部民刺死了也先。足見也先攻殺脫脫不花大汗及剷除異己等一系列舉動，相當不得人心。
蒙古商人阿蠻親眼見到也先被殺，隨即丟棄貨物，騎馬南奔，如同逃命般進入大明之境，亦不敢輕易聲張。而漠北地廣人稀，交通不便，也先被殺後，訊息並未立即傳開。大明邊軍竟不知曾經縱橫漠北的英雄人物，已經落了個悲情悽慘的結局。最終，明廷竟是從蒙古商人阿蠻口中輾轉得知了也先被殺的訊息[1]。
也先一死，瓦剌部立即喪失了對蒙古諸部的統治地位，不得不退居西北舊地。此後，活動在明長城防禦線以外的主要是韃靼部和兀良哈三衛部眾。
蒙古東部最強大的孛來、毛裡孩韃靼兩部為了擴張自己的勢力，奪也先母妻及傳國玉璽，立脫脫不花之子麻兒可兒為汗，因其年幼，被稱為&ldo;小王子&rdo;。後來孛來殺小王子，毛裡孩又殺了孛來。時隔不久，毛裡孩又為朵顏部所殺。蒙古重新陷入互相攻訐仇殺的分裂狀態。
蒙古各部落進行內訌的同時，並未停止對大明邊境的侵擾，屢犯明邊遼東、宣府、大同等鎮。毛裡孩、孛來等部先後進入河套，並以此為根據地：出河套，則寇宣府、大同、三關，可以震畿輔；入河套，則寇延綏、寧夏、甘肅、固原，可以擾關中。明廷稱佔據河套地區的這部分蒙古部眾為&ldo;套寇&rdo;，逐漸成為大明的心腹之患。
為了阻遏蒙古騎兵南下，明廷投入更多的財力物力修繕加固長城，明朝全線連線的、完整的長城防禦體系就是在這樣的歷史背景下形成的，即後世所稱&ldo;萬裡長城&rdo;。
自明太祖朱元璋開始，為防禦北方邊患，就對已經破爛不堪的長城開始進行補修。建文帝朱允炆時，明廷修築了山西大同境內的長城，稱之為&ldo;極邊&rdo;。明成祖永樂十年（1412年），&ldo;敕邊將治壕垣，自長安嶺堡迤西，至洗馬林，皆築石垣，深壕塹，以固防禦&rdo;。明英宗朱祁鎮執政之初，下令從河北龍關經獨石口至薊縣北，修築了墩臺、煙墩二十二座，用來加強瞭望警戒。不過，這些基本上還是修修補補的工程。
大規模地修築長城始於明憲宗成化年間。明廷發動軍隊和民夫，對東起山海關西至雁門關一段長城進行了全面修築，將原先不相連線的關隘和長城連線起來，防止蒙古利用空隙山坡小徑滲透入關。這一時期修築長城，同明朝建國之初沿邊修建關隘的性質完全不同，已經蛻化為消極防禦的軍事工事。
明憲宗成化七年（1471年），負責陝北邊防的延綏巡撫都御史餘子俊發動軍民修建了東起清水營，西到花馬池[2]長約一千七百多里的長城和十一個城堡，以及上百個烽火臺。工程十分浩大，竟然在很短的時間內便完成了。
明武宗正德年間，修築宣府鎮及大同鎮所管轄的長城一千餘裡，烽堠三百六十三所。明穆宗隆慶年間，名將戚繼光擔任薊州、昌平、遼東、保定軍務總管時，組織人力，花費三年時間，重修從山海關到昌平的長城
