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軍閥關係不夠融洽，對西南事軍上的失利，加上全國人民對其賣國罪行的反對，使他無法從“國會”中產生出來。馮國璋也因國會操縱在皖系手中而不可能產生。結果，直皖兩系軍閥之間的調停人，歷來在北洋軍閥集團中處於清客地位的老官僚徐世昌獲得大總的地位。馮、段二人同時去職。徐世昌當上總統後，就物色了自己的私黨錢能訓繼任內閣總理。
徐世昌雖是段所扶植的傀儡，卻不甘心傀儡自居。在軍事力量方面，他竭力拉攏直係軍閥，並利用馮、段互不相下的局勢，企圖消除兩系的壁壘，把北洋派重行團結起來，使自己成為北洋派的唯一最高領袖。在對外關係上，力圖靠攏西方國家，取得政治借款，從而加強自己的地位。在對西南五省的問題上，他繼承了馮國璋的“和平混一”方針，認為西南實力派所爭者為個人的權力地位，只要地位擺得平，所謂法律問題他們是不會堅持到底的。因此，他授意他所選派的北方議和總代表朱啟鈐在與南方進行和談的時候，避開法律問題，先解決事實問題。所謂事實問題就是關於西南實力派的地盤、地位分配問題。
西南軍政府實際上是桂系軍閥所控制的傀儡機構。孫中山已經被迫離開廣州，留在軍政府的國民黨人物伍廷芳、王正廷及被派充南方議和總代表的唐紹儀，都是著名親美派。當五國銀行提出聯合勸告的時候，他們不但欣然接受，甚至還想取得國際勢力的保證，使上海和會能夠順利進行。根據這些情況，所以儘管西南在口頭上不承認徐世昌的總統地位，而在對外關係上，在“和平混一”的方針上，是與徐一致的。
1918年10月，馮國璋、段祺瑞二人都未被選為總統，因此同時去職。後北洋軍閥集團發生分裂。皖系軍閥段祺瑞雖然去職，但參戰軍在皖系控制下。參戰軍在歐戰結束後，因為失去參戰藉口，始改為國防軍，後又改為邊防軍，然而不管名稱如何，它仍然由日本負責訓練和裝備。馮國璋去職後，不久死去，直係軍閥的首領落在曹錕的手裡，而曹錕的手下將領吳佩孚獲得了直係軍閥集團的實權。他們對皖系把持北京政府的政權和軍權，感到不滿。1920年4月9日，曹錕發起聯絡八省聯盟，進行反對皖系軍閥的活動。於是皖系決意發動對直系戰爭。7月10日，皖系軍隊首先對直系的總攻擊；12日曹錕、張作霖聯名通電討段，同時奉軍也陸續入關。14日至18日，雙方在北京附近一帶激戰；結果，皖軍大敗。23日，直、奉軍進駐北京，辦理善後。直皖戰爭至此即告結束。
從直、皖戰爭結束後到9月初，北京政府在直、奉軍閥支配下，接連發布了不少命令：撤消對曹錕的處分令，免去段祺瑞的職務，廢除邊防軍，通緝皖系重要人物，解散安福系具樂部等。
直、皖戰爭結束後，直、奉軍閥又展開了彼此間爭奪權力的鬥爭。這種鬥爭的形成，一方面是由兩系之間常因分贓不均而產生裂痕，例如：在直、皖戰爭中，奉軍參加人數少。但卻大批掄奪輜重財物，遭到直係軍閥的不滿，又如直奉兩系軍閥都想把自己的勢力，伸張到長江流域去，但江蘇督軍卻被直係軍閥齊燮元獲得，而吳佩孚又乘武昌兵變、王佔元離開湖北的機會，取得兩湖巡閱使的職位，這又遭到奉系不滿，於是奉系軍閥便聯合為日本帝國主義所支援的浙江軍閥盧永祥，結成奉張浙盧的軍事合作，為日後江浙戰爭預伏了禍根。同時，直系的實力派吳佩孚直皖戰後，又積極“實行其武力統一”的政策，連續獲得對陝西、湖北、四川各地軍事上的勝利，取得了英、美帝國主義的器重，也招致日本帝國主義非加緊扶助奉系以對抗直系勢力不可的結果。
1922年4月初，直、奉軍閥都開始軍事方面的活動；奉系軍隊陸續入關，直系吳軍也將京漢路南段車輛扣留，準備運軍隊北上。4月29日，奉系軍閥張作霖通電各處，宣告軍
