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木葉64年，開啟了木葉砂隱聯合中忍考試。一年時間中，選拔出了眾多優秀中忍。
與此同時，全員S級叛忍的曉組織開始四處收集尾獸，禍亂忍界。一尾我愛羅失蹤，被砂隱村千代施展己生轉生之術復活，奈落用三十副查克拉鎧甲換取了這個忍術。
後續二尾，三尾，四尾也相繼失蹤，三尾野原琳的尾獸被抽離，野原琳亦被帶土耗費自己生命施展己生轉生之術復活，宇智波帶土壽命大損，尾獸的失蹤線索直指曉組織。
由於巖隱村失蹤的五尾在大蛇丸手中，大蛇丸再次和曉組織發生碰撞。
65-67年，大蛇丸和曉抗衡了三年時間，大蛇丸為了抵禦曉組織的眾多成員，花費多年時間最佳化了宇智波斑的力量。再一次被曉組織佩恩親自策策劃的圍剿行動中，大蛇丸的五尾人柱力以及一眾下屬終究不敵曉組織全員，落於下風。
關鍵時刻，大蛇丸用穢土轉生通靈出了宇智波斑，然而卻受到穢土轉生之術反噬，險些被宇智波斑殺死。
最終，五尾被掠奪，大蛇丸勢力受到重創。
五尾被抓不久後，六尾，七尾相繼失蹤，八尾奇拉比被襲擊，抓捕行動失敗，但是被長門掠奪了八尾的小半軀體，三年時間中，諸多國家尾獸被曉組織搶奪。
木葉67年，只剩下最後的雲隱八尾，木葉九尾。長門本尊親自出手，入侵雲隱抓捕八尾，雲隱受到長門襲擊，實力大損，成為倒數第一 ，頂替了巖隱村。風之國這個孱弱國家反而成為了除木葉外最強盛的國家。
忍界形成一超四強的格局。
曉組織的活躍期間，火之國大名奈落按兵不動，相反暗中協助曉組織收集尾獸，圖謀摘取神樹之果實，亦或者用鬼芽羅之術，吞噬查克拉之祖大筒木輝夜...
長門收集尾獸只剩下八尾和九尾，由於八尾長門獲得了小半，勉強夠用，於是轉而入侵木葉，卻被木葉一眾高手擊退。
最終長門用火之寺名為空的少年體內的九尾查克拉，以及八尾的小半軀體，勉強制作出了成為十尾。
因為曉組織以及尾獸被捕的原因，五大國開啟了五影會談，木葉五代目火影波風水門得到君主奈落的同意，參加會談，由於木葉實力最強，波風水門當仁不讓的成為盟主。
曉組織之禍正式揭開，宇智波斑破解了大蛇丸穢土轉生控制，與黑絕會面後，在黑絕的引薦下，宇智波斑帶上面具，加入了曉組織，潛伏在陰暗中。
五影會談後，各國聯軍討伐雨隱村，宇智波斑來到曉與五大國戰鬥的地方，和長門真身會面。
黑絕偷襲控制長門，用長門的身體施展輪迴天生，將宇智波斑真正復活。一代梟雄長門因為一時大意，被偷襲後，施展輪迴天生之術而死亡。
宇智波斑成為十尾人柱力，發動月之眼計劃，啟用了輝夜的意識，黑絕再次偷襲，獲得雙殺，宇智波斑成為輝夜的載體，大筒木輝夜復活。
輝夜被五國聯軍擊敗，奈落將輝夜姬吞噬吸收，黑絕計劃徹底失敗，被奈落斬殺。
其餘的曉成員作鳥獸散，繼續流浪忍界，角都和飛段因為碰到了宇智波奈落，被宇智波奈落兩個瞳術秒殺。
第十卷 平定天下篇（第四次忍界大戰，又名四戰風雲錄）
曉組織覆滅後，奈落命令其他四國稱臣納貢，限期臣服木葉，各國觀望不從。
木葉67年底，奈落親率忍者部隊，逐步平定各國，吞併第一個國家土之國後，改國號為焰，建元昭武，稱始皇帝，是為焰始皇。
焰始皇宇智波奈落派遣忍者部隊，四處出擊。
焰始皇親自率領十二黃金守護忍討伐雲隱村，同時派遣木葉忍者軍團和巖隱忍者軍團討伐霧隱村和砂隱村。
