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全文立論的論點是針對司馬光認為新法“侵官、生事、徵利、拒諫、致怨”的指責，指出儒者所爭，尤在於名實。名實已明，而天下之理得矣。從而說明變法是正確的。司馬光的攻擊名實不符，全是謬論。文章逐條駁斥司馬光的謬論，揭露出他們保守、腐朽的本質，表示出作者堅持改革，絕不為流言俗語所動的決心。
第一段主要闡明寫這封信的原因和目的。
因為兩人之間有分歧，所以寫信表明自己的立場和態度。王安石在第一段第一句寫了三層意思：第一層“昨日蒙教”是禮貌性套語；第二層提到與司馬光“遊處相好之日久”，感情色彩很濃，使司馬光很是舒服；第三層急速轉到“而議事每不合，所操之術多異故也”，有迅雷不及掩耳之勢，直接點明二人政治上不投合的原因所在。這三層意思集中在一句話裡顯出高度的概括力，亮出了分歧的焦點所在。不傷感情，態度坦率。第二句又有兩層意思。第一層是：司馬光見解堅定，並不肯輕易改變，所以“雖欲強聒”多講幾句，一定得不到見察；對於洋洋灑灑三千餘字的來信，只作簡單答覆，不再一一白辨。第二層是：經過仔細考慮，司馬光很是看重自己，書信往來，不宜魯莽，所以要做詳細解釋，希望司馬光能夠寬恕。這裡說明了作者的態度和方法，又顯示出冷靜沉著。
第二段是全文駁斥的重點部分，作者以“名實已明，而天下之理得矣”為論證的立足點，分別對保守派謬論進行駁斥，表明自己堅持變法的立場。
在辯駁之前，先高屋建瓴地提出一個最重要的原則問題一一名實問題。名正則言順而事行。但站在不同立場，對同樣一件事（即“實”）是否合理（即“名”是否“正”）就會有不同的甚至完全相反的看法。司馬光在來信中指責王安石實行變法是“侵官、生事、徵利、拒諫，以致天下怨謗”。這些責難，如果就事論事地一一加以辯解，那就很可能會因為對方抓住了一些表面現象或具體事實而陷於被動招架，越辯解越顯得理虧；必須站在高處，深刻揭示出事情的本質，才能從根本上駁倒對方的責難，為變法正名。先駁“侵官”。作者不去牽涉實行新法是否侵奪了政府有關機構的某些權力這些具體現象，而是大處著眼，指出決定進行變法是“受命於人主”，出於皇帝的意旨；新法的制定是“議法度而修之於朝廷”，經過朝廷的認真討論而訂立；然後再“授之於有司”，交付具體主管部門去執行。這一“受”、一“議”、一“授”，將新法從決策、制定到推行的全過程置於完全名正言順、合理合法的基礎上，“侵官”之說便不攻自破。次駁“生事”。“舉先王之政”是理論根據，“興利除弊”是根本目的。這樣的“事”，上合先王之道，下利國家百姓，自然不是“生事擾民”。再駁“徵利”。只用“為天下理財”一句已足。因為問題不在於是否徵利，而在於為誰徵利。根本出發點正確，“徵利”的責難也就站不住腳。然後駁“拒諫”。只有拒絕正確的批評，文過飾非才叫拒諫，因此，“辟邪說，難壬（佞）人”便與拒諫風馬牛不相及。最後講到“怨誹之多”，卻不再從正面反駁，僅用“固前知其如此”一語帶過，大有對此不屑一顧的輕蔑意味，並由此引出下面一段議論。
這一段，從回答對方的責難這個角度說，是辯解，是“守”；但由於作者抓住問題的實質，從大處高處著眼，這種辯解就絕非單純的招架防守，而是守中有攻。例如在駁斥司馬光所列舉的罪責的同時，也就反過來間接指責了對方違忤“人主”旨意、“先王”之政，不為天下興利除弊的錯誤。特別是“辟邪說，難壬人”的說法，更毫不客氣地將對方置於壬人邪說代言人的難堪境地。當然，對司馬光的揭露和進攻，主要還在下面一段。
第三段進一步明確自己的立場和態度，緊承上段結尾處怨誹之多早在意料之中的無畏
