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就這樣，皇太極收服了另三大貝勒，徹底奠定核心地位，又在漢官寧完我、范文程等的協助下構建組織機構，仿漢制設定了六部甚至御史言官等機構。皇太極大力提拔多爾袞、豪格等年輕領主出任六部貝勒等新官職，新秀的崛起分散了老貴族的權勢，皇太極的優勢更加明顯。皇太極又進行了令人眼花繚亂的換旗活動。最初努爾哈赤親領兩黃旗，死後傳給未成年的多爾袞、多鐸。皇太極欺他們年幼，將自己的正白旗和正黃旗互換旗色，將兒子豪格的鑲白旗和鑲黃旗互換。後來皇太極以當年努爾哈赤的格式親領兩黃旗（實際上是以前的兩白旗），豪格領正藍旗，並在八旗內部劃分階級，以正黃、鑲黃、正藍為上三旗，其餘為下五旗，上三旗享有更高的特權地位。後來皇太極又多次整編八旗，還將順序也換來換去。這一系列動作很複雜，他那幫不怎麼識字的兄弟子侄們不知道他到底在幹什麼。總之，最後的結果就是：皇太極建立了絕對優勢，所有領主雖仍有私有部族，但全都恭順地臣服於他。
順便提一下，清世祖朝最終確定八旗的順序是：鑲黃、正黃、正白、正紅、鑲白、鑲紅、正藍、鑲藍。頭旗是鑲黃而非正黃旗，清朝皇帝、太后、n阿哥、某珠格格什麼的大都出在鑲黃旗。所以，要冒充大清皇室或者寫穿越小說時，就千萬不要自稱是滿洲正黃旗之後，也不要寫主角穿越到某正黃旗貴族少女身上，不要想當然地認為正就比鑲的地位高。
理順核心民族內政後，皇太極又積極調整對蒙古、漢族的統治策略。老努生性兇殘，最初需要利用一些蒙古人和漢人，到晚年開始亂殺亂搶，又逢嚴重小冰河期，東北大地幾乎沒有收成，收不上來稅。老努便放縱女真人直接屠殺漢民，搶奪錢糧。儘管後金防止逃民的措施極其嚴密，仍止不住大批漢民逃亡關內和朝鮮。氣急敗壞的老努更加瘋狂地屠殺漢民，進入惡性迴圈，所幸緊急關頭他死了，皇太極懸崖勒馬，安撫漢民，鼓勵蒙古人和女真人也加入耕作，加大對四鄰的貿易力度，用東北特產換糧食，挽救了命懸一線的後金國勢。尤其重要的是皇太極逐步完善了蒙古八旗和漢軍八旗的建制，這為拉攏蒙漢民族，並為後來清朝統治全國開創了重要的制度淵源。
二、西面的東蒙古諸部
蒙古當時已是一盤散沙，但危機總能促進團結，面對嚴重小冰河期和後金強勢崛起，蒙古尤其是東面部落抱團的意願愈發強烈，一位年輕的英雄應運而生‐‐林丹巴圖爾。
林丹十二歲繼為蒙古察哈爾部領主，稱呼圖克圖可汗，很快控制了東部的內喀爾喀、科爾沁、兀良哈、八鄰等部落，又在今內蒙古赤峰市築瓦察爾圖察汗城，號稱全蒙古的都城，大有當年元太宗建都哈剌和林而號令蒙古之遺風。不過關鍵問題還是人心散了，隊伍不好帶。林丹又運用宗教武器，取得藏傳佛教黃教領袖四世達賴喇嘛（雲丹嘉措）的支援，在察哈爾設立蒙古教區的坐床喇嘛（相當於基督教的大主教）。當時蒙古大多數部落信奉黃教，此舉凝聚了人心，很多西面部落也口頭表示臣服於林丹。天聰四年（1630），二十八歲的林丹巴圖爾在鐵木真汗陵前即為&ldo;統四十萬眾蒙古國主巴圖魯成吉思汗&rdo;。注意後面四個字，他是歷史上最後一位使用成吉思汗這個對蒙古民族具有極其特殊意義汗號的最高領主。
最後的成吉思汗確立了親朝廷、鎮壓後金的戰略，嚴令蒙古諸部不得擅自與後金勾結，經常出兵配合遼司進剿後金。努爾哈赤的戰略是零敲碎打，有機會就欺負下弱小的蒙古部落，林丹汗一來又趕緊討好。這樣的結果是他直接搶了一些物資和奴隸，但蒙古諸部愈發團結在林丹汗周圍，再過兩天就可以把後金擠死了。皇太極一繼位不再對林丹汗陽奉陰違，而是旗幟鮮明地與親後金部落結為緊密同盟，堅決打擊親林丹汗或
