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自從把南洋的事務交給磊哥暫管後，無忌就把大部分的心思放在安排接下來的航程中。在啟航下西洋之前，無忌首先要做的是，安排休息了好幾天的大弟帶著空出來的貨船裝上本次採買巨量的香料、糧食和部分財物，順便還押送三千俘虜提前返程。從神州大陸到西洋整條航線上規模較大的海盜群幾乎都被一網打盡了，目前不再需要那麼多的護衛艦，空出來的貨船也無需跟著繼續航行，徒勞無益。
無忌現在要給船隊瘦身，以提高船隊整體的效率。首先，見效最快的就是讓大弟優先帶著一部分空船運載香料、糧食和俘虜返程。其次，也要給南洋留下起碼二十艘秦級戰艦船與少量貨船。另外，船隻減少後，人數也要相應跟著做減數。按磊哥掌控南洋給出要求：首先要給南洋各據點留下不少於一千二百的安保隊精銳，陷陣營的精銳除外。其次，各種工匠、郎中、和管事和其它後勤人員都要留下一定的數量，欠缺的人才待大弟回到後再從香港調撥過來補足。再次，各種商品貨物也要留下一定的數量以保證日常貿易之需。經過這幾項操作後，下西洋船隊的規模一下子就縮小到啟航時的一半不到了。
無忌雖然把掌控南洋的繁雜事務移交給了磊哥，但是規劃接下來行程的工作也並不輕鬆。在香港啟航之前，無忌早就參考後世鄭和下西洋的航線規劃好了所有航程，但是由於西洋的海盜群參與了四海艦隊與蒲家之間的戰爭，所以無忌有必要修改航線，以便於沿途收拾所有已知的海盜據點。無忌把之前的陷陣營精銳全部留給了磊哥，助他掌控南洋，接下來的行程還需重新挑選新的陷陣營精銳。挑人的工作，無忌全權交給了小陳負責，而他每天都在研究整個西洋的輿圖，重新規劃新的航線。
自從大弟率領船隊離開淡馬錫返程後，磊哥也全身心投入到經營南洋的工作中。首先要完善南洋各處據點的安保力量，以保障財產和人員的安全。雖然在攻陷各處據點時，無忌和小陳都留下了一部分安保隊的精銳和陷陣營的精銳鎮守當地塢堡，但是磊哥還需根據各地的具體情況繼續增加一定數量的安保力量，以保障所有產業的安全。
其次是要儘快恢復生產，所有的莊園要恢復種植，所有的商鋪和倉庫要恢復正常營業，就連要移交給給飛煙管理的酒樓客棧等產業也要先恢復其正常的營業，等到要接管的人手到位了，再移交過去。只有一切都恢復正常運轉後，磊哥才能花費更多的精力去完善如何收取海上保護費的事。
再次，剩下所有的俘虜的安置與管理也要馬上展開。經過兩次轉運俘虜回琉球和幾次挑選陷陣營後，臨時海上俘虜營裡剩下的俘虜還有好幾萬。為了物盡其用，磊哥迅速把那些不太精壯的俘虜迅速調撥到各地據點的莊園中，充當莊園主要的勞力。待小陳挑選完隨船下西洋的陷陣營和力夫後，俘虜營應還能剩下萬多兩萬人。臨時俘虜營也是時間撤回陸地上了，為此磊哥在淡馬錫的塢堡旁規劃了一座臨時俘虜營，以安置剩餘的俘虜。為不讓他們白吃飯，磊哥還計劃讓他們重新各據點的莊園到港口之間的道路，以此鍛煉出一支南洋和西洋專用的工程隊。除了再留出部分俘虜備用外，其餘的俘虜只能逐次遷徙回琉球，為開拓琉球的大業做貢獻了。
磊哥目前還有另一個比較著急的要做的事修建一個大型船塢。被俘的海盜船將近兩千艘，不能就這樣丟在海里任它們自生自滅。修了船塢後，將它們稍微改造翻新一下，既可留一部分自用，又可用於售賣。而且在南洋有了船塢，不但可以方便自己，還能方便所有途經南洋的船隊，為促進各地商品文化交流的繁榮盡一份力。
就在磊哥還在為南洋的管理跨度太大而絞盡腦汁的時候，無忌已經全部重新規劃好了下西洋的新路線。新路線主要調整在增加了安達曼海的一些島嶼上的海盜據點行程，順路在孟加拉灣溜一圈，
