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於是，軍種間的內部爭鬥又全面展開了。自然是不甘寂寞的麥克阿瑟首先發難，他責怪華盛頓束縛了他和整個陸軍的手腳，他絕對無法容忍的是，當尼米茲指揮的以海軍為核心的各級司令部進攻日本本土的同時，讓他在南邊&ot;坐冷板凳&ot;。因此，他把建立一個由他指揮的統一司令部的觀點再度提出來。但他的觀點遭到了來自海軍的難以辯駁的反對。
4月3日，參謀長聯席會議頒布了一項折衷方案：在進攻日本時，麥克阿瑟將指揮太平洋地區的全部陸軍地面部隊和航空兵；尼米茲指揮太平洋的全部海軍。這一方案意味著將進一步分裂被尼米茲稱之為&ot;不能團結工作&ot;的聯合指揮部；同時，任何陸軍部隊將來都難以聽從海軍將領的指揮。
尼米茲的耐心已經到了極限，他感到不能再次退讓，否則，他將淪為麥克阿瑟的部屬，而喪失自己的權力和責任。他以不容置疑的語言向麥克阿瑟的特使薩瑟蘭亮出了自己的觀點：&ot;我現在不能答應把對於太平洋海區防務和作戰計劃不可或缺的陸軍部隊的作戰指揮權交給他。&ot;
然而，尼米茲也認識到，早日結束戰爭，比起兩人的不和以及武裝部隊中兩個區域性的衝突來說，要重要得多。基於這一考慮，他還是決定去馬尼拉與麥克阿瑟會商，以取得雙方的某種一致，儘早結束戰爭。
在兩天的會晤中，兩位高階將領儘可能以理智的態度去爭取相同的目標，以謀求雙方會談的基點和最終從海、陸、空三方逼近日本的戰略。會談解決了一些存留的問題，奠定了進攻日本九州、本州及其他島嶼的合作基礎。按照雙方達成的協議，在兩棲進攻中，以海軍將領為主、陸軍將領為輔進行指揮。尼米茲答應將進攻整個琉球群島的任務移交給麥克阿瑟，並保證一如既往地為西南太平洋部隊提供海上掩護。
這次會談，使尼米茲意識到，他的統一指揮陸、海軍的願望，是非常不現實的，他將再也不會提及全國範圍的武裝部隊實行統一指揮的建議了。
2月的一天，一位年輕的海軍中校來到太平洋艦隊總部，捎來金上將帶給尼米茲的一份絕密檔案。檔案告知，當量為2萬噸tnt的原子彈已經研製成功，將於1945年8月1日在太平洋戰場使用。
一顆炸彈就能毀滅一座城市，全部或幾乎全部殺死其居民，尼米茲對此深為驚訝。他在座椅中轉過身來注視著窗外，然後站起來對青年軍官說：&ot;非常感謝你。&ot;並喃喃自語道：&ot;我想，我是生不逢時，出世太早了。&ot;
此時，7月的&ot;奧林匹克行動&ot;計劃和&ot;王冠行動&ot;計劃已由繼任總統杜魯門批准在8月實施。尼米茲則繼續實施對日本本土的襲擊，攜帶水雷的潛艇和飛機把日本對各島嶼的攻勢壓了回去。
5月8日，德國宣告投降，這標誌著歐洲軸心國的最後失敗。在欣喜的同時，尼米茲也感到德國的頑固抵抗使歐洲的勝利來得太遲了，已經基本上不會對太平洋戰場產生直接的支援和影響了。他確信，在盟軍部隊從歐洲調來之前，靠封鎖和轟炸，即可迫使日本投降。
6月底，尼米茲飛赴舊金山，與金上將進行戰爭年代的最後一次會晤。這次會議為時僅一天，因為兩位高階將領已經充分確信，&ot;奧林匹克行動&ot;與&ot;王冠行動&ot;都將不會付諸實施了。
破譯的日本電訊表明，日本正試圖透過蘇聯政府，伸出求和的觸角。於是，尼米茲、斯普魯恩斯著手將工作重點從制定&ot;奧林匹克行動&ot;方案轉到為日本可能投降作準備上。有關建立民事政府、處理戰犯，一直到戰後重建工作方面的專家等事宜，都成了太平洋艦隊參謀部討論的話題。
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