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清軍的取勝之道，除戰船裝備精良，將士作戰驍勇之外和施琅正確的指揮判斷分不開，施琅在主攻方向上集中了56艘主力戰船，並以五船合攻一船的策略逐次殲滅了鄭軍主力。在這之後，施琅並沒有聽從旁人的建議，繼續進攻臺灣島，而是考慮到了補給問題和民心問題，因為這個時候的施琅已經不是一個驍勇善戰的猛將了，而是可把握大局的帥才了，於是他停留在了澎湖，大戰之後。鄭克塽極為恐慌啊，施郎呢，就對鄭氏集團施以大義進行招降啊，說你呀，跟吳三桂不一樣，他呢，是大清的叛賊，你是大明的忠臣，並且你的祖先打敗荷蘭鬼子這對於我們中國是大功。
並且施琅，對鄭軍士兵也非常好，無論是歸順的還是被俘的，一律優待安撫。對鄭軍將領以禮相待。錢糧給足，醫治傷者，想老婆，想家的派小船兒送他們回臺灣。對於澎湖居民，宣告農稅減收四成兒，免三年搖役，所以施琅所做的一切，對爭取臺灣民心起到了決定性的作用不久，明政的大將劉國軒降清，鄭克塽見大勢已去，直接交上了延平王印，宣佈臺灣歸屬於大清。
春秋時期有個人名字叫伍子胥，這個人那可是太有名氣了，他是春秋後期的人，他當時的老大是楚平王，但是這個楚平王啊聽信了小人的讒言，這個小人叫費無忌，這個費無忌說這個伍子胥的老爸叫伍奢他這個人有問題要謀反。於是楚平王就將這一家除了次子伍子胥都殺了。當時的伍子胥是一夜之間白了頭，歷經了千難險阻，逃到了吳國，並且成為了吳國的大臣。
後面也是這個伍子胥率領軍隊攻破了楚國，而且這個哥們還幹了件什麼事情呢？鞭屍。因為這個時候的楚平王已經死了，死了也不行，於是把他的屍體從棺材裡面拿出來拿著鋼鞭打了300多鞭。
歷史總是驚人的相似，施琅跟鄭成功的恩怨也該了結了。
當時一些屬下勸施琅對鄭家子孫進行報復啊，但是施琅說，我來這是為了國家和百姓，他們歸附了大清，就絕不可殺。並且呢，還向鄭家保證說殺我家人的那位已經入土了，過去的事兒和你們都不相干，只要你們歸附大清皇上，絕對不會殺任何一個人，這是朝廷大事兒，我能報私仇嗎？，果然，這個施琅在臺灣登島之後，沒有食言，不僅沒殺鄭家的人，還親自祭祀僱主，並且還老淚縱橫。對鄭成功情深義切，是言辭懇切，讚美了鄭氏父子開闢臺灣表示自己是為國盡忠，對鄭成功毫無怨言，並且約法三章，嚴抓軍紀。
施琅的胸懷讓康熙皇帝非常感動，當這個正式投降的捷報。傳到北京，封師郎為靖海侯，世襲罔替，讓他永鎮臺灣，這還沒完。特許為施郎建生祠表彰他的功績，臺灣是拿下來了，滿朝文武都建議棄首臺灣的時候，施琅據理力爭認為臺灣必須守，他說臺灣乃東南七省門戶，朝廷的賦稅主要靠的東南，如果這個東南不定的話，那會影響這個朝廷的收入，收入影響的話那後果不堪設想。
漕運海運都會有影響，所以臺灣必須守。如果臺灣棄守成了無主之地，那外國人就會在臺灣建立殖民地，弱小的鄭克塽好對付，但是如果換成了這個船堅炮利的紅毛夷（荷蘭鬼子）。再想拿回臺灣就太難了。康熙皇帝聽取了施琅得意見，到了康熙23年。清廷於1684年設立臺廈道，與廈門共署，並同時隸屬於當時的福建省。道為清朝行政區劃之一，其地位在省與府之間，而總管廈門與臺灣的臺廈道道署設於廈門。
1684年，臺灣設臺灣府，轄臺灣、鳳山、諸羅三縣，隸屬於福建省臺廈道，在臺澎分別駐兵1萬人，設官治理、築城戍守，並公佈“臺灣編查流寓則例”，嚴格控制大陸漢人渡臺人數。
臺灣建府初期，清廷即授權福建巡撫從閩省內地與臺地的官員互調。因此，清代臺灣的官吏多是福州人同時呢？這個康熙皇帝也開放了海禁，廣東，福建，寧
