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女助手十分費解，哥斯拉和神秘巨龍是依靠穆託的電磁脈衝訊號來追逐穆託的，穆託卻發出了呼喚的訊號，這不是自找麻煩嗎？這時候芹澤想到了什麼，“不，把哥斯拉和神秘巨龍召來是個意外，穆託在呼喚別的什麼。”接著，芹澤停頓了一下，讓指揮室裡的人搜尋一個地方。女助手錶示不可能，洛亞則認為是事實。上校則是好奇他們在說什麼，接著上校得到了一個要命的訊息，穆託卵不止一個。
當年發現的哥斯拉化石裡，除了一個孵化的卵以外，還有一個休眠的卵。芹澤解剖研究了那個休眠的卵，因為輻射太大，後來和核廢料放在了一起。現在，那個卵恐怕不再休眠了。士兵們快速趕去卵的存放地點，打算儘快毀滅它，可惜來晚了。等士兵趕到時，穆託早就已經孵化了。新孵化的穆託體型是另一隻穆託的幾倍，但卻沒有翅膀，有兩對前肢。指揮室裡洛亞和芹澤立刻明白，這是雌性穆託，其休眠的目的是為了等雄性穆託成熟好繁殖後代。
這下事情大發了，兩隻穆託想要匯合繁殖後代，而且經過測算，雌雄兩隻穆託會在一座沿海城市匯合，雄性穆託後面跟著哥斯拉和神秘巨龍，一旦這四隻巨獸匯聚開始大戰，指揮室裡除了洛亞的其他人光是想一想，血壓蹭的一下就上去了。
指揮室裡的人全部開動，思考解決辦法。最後軍方決定，使用超大當量的核彈，引誘兩隻穆託，間接引誘哥斯拉和神秘巨龍 ，讓四隻巨獸匯聚在海上無人區，最後引爆核彈殺死四隻巨獸。
計劃開始，前期核彈頭順利裝上船，但是轉眼核彈頭就被雄性穆託截胡，帶到了沿海城市中心，成了給雌性穆託的見面禮。穆託有了核彈頭，就開始築巢產卵。
很快，洛亞就趕到了穆託巢穴，哥斯拉緊隨其後，一場巨獸間的大戰一觸即發。
洛亞一聲怒吼，率先發難，朝著體型較小會飛的雄性穆託發起進攻。一記利爪抓在了雄性穆託的頭顱，可惜雄性穆託的頭顱包裹著甲殼，這一下沒有造成嚴重傷害。接著洛亞和雄性穆託同時起飛展開空戰。兩獸在空中激戰，時而遠離，時而靠近竭盡所能的用利爪和肢體給對方造成傷害。
另一邊，哥斯拉和雌性穆託也開始交鋒。護巢心切的雌性穆託揮動兩對前肢，朝著哥斯拉出擊，將哥斯拉打的一趔趄，但沒對哥斯拉造成傷害。哥斯拉反手掀開雌性穆託，對雌穆託來了一記鐵山靠，將穆託撞到了大樓上。穆託仗著皮糙肉厚，堅持著爬起來繼續和哥斯拉展開戰鬥。
在巨獸們混戰時，人類也沒有閒著，組織了士兵潛入穆託巢穴取走核彈，其中一個士兵臨走前點燃了汽車油箱裡的汽油，燒燬了穆託巢穴裡的卵。
感應到巢穴出事，雌穆託無心戀戰，趕回巢穴，發現所有的卵都被毀了，惱怒的雌穆託將目光投向燒燬了自己巢穴的人類。就在這時候，濃霧裡一道藍光亮起，接著藍光迅速蔓延，仔細一看藍光竟是從哥斯拉的尾巴末梢開始亮起，逐漸向頭部蔓延，當哥斯拉背部的藍光達到最亮時，哥斯拉張開嘴巴，向著雌穆託噴出了帶有高溫的藍色光束——原子吐息。原子吐息威力驚人，一擊就把雌穆託重傷。
天上，洛亞身體裡的能量回路逐漸免疫了穆託的電磁脈衝干擾，洛亞掙脫了雄穆託的纏鬥，一記雷火加持的能量射線打斷了雄穆託的翅膀，失去了一隻翅膀的雄穆託瞬間失去平衡，掙扎著掉下天空，正好砸在雌穆託身上，將它們砸暈。從空中落下的洛亞，很快與哥斯拉對上了。
哥斯拉率先發難，朝著洛亞撲去，洛亞絲毫不懼，側身一躲反手利用尾巴把哥斯拉相對短小精悍的前肢纏在哥斯拉身上，分佈在尾巴末梢上的尖刺扎進哥斯拉的面板。同時洛亞身體裡的能量回路開始發力，一記強悍的雷電在哥斯拉身上爆發，順著洛亞尾巴上的刺進入哥斯拉體內。哥斯拉堅
