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皇城的宮殿得以完整的儲存下來。朱聿鍵甫一入京，便急匆匆的叩拜宗廟謝罪，此番遭遇鄭芝龍的背叛，也令他倍受打擊，一連兩月的奔波、憂慮、愁思，使得朱聿鍵在進入南京城之後的第二天便病倒了。
朝廷政務自有史可法、陳子壯、盧九德等人打理，軍務則由李巖、朱大典和陳上圖等人主管，朱聿鍵的一干心腹之人黃道周、周之藩等是萬萬插不上手了，就連鄭森的兩萬兵馬都被拒之於南京城外，嚴令不得隨意入京，鄭森只能帶著陳澤、周全斌、甘輝等心腹將領隻身進入南京。
如今，朝野之間都清清楚楚，睿王上位已經是大勢所趨，不能阻止了。
新年之間，由於隆武朝廷直到現在才有喘息之機，所以一應朝賀的典儀是在所難免的，包括祭天祭祖，重修太廟，恭迎歷代皇帝再度迴歸供奉之所等等，一直忙碌了一個多月才算告一段落。
睿王府的軍機處，包括朝廷的臨時內閣這些時間都是忙的馬不停蹄。但一切軍政要務卻是全部由趙光挕⒁跏欄佟⒅齏蟮洹⑹房煞ā⒄嘔脫浴⒊倫幼痴廡┑障禱蛘咧炱槳駁撓禱ふ咚�殉鄭�勻聳峭蟯蚰巖圓迨值摹＞土�履曛�蟮牡諞淮緯�幔�即笥欣涑〉那魘啤�
新年伊始，又恰逢大亂之後皇帝還朝，對於有功將士的封賞是必不可少的。內閣和睿王府軍機處早已拿了一個章程出來，所謂的請皇帝御覽也不過是走一個程式而已。
各地的督撫和三司衙門主官除了殉國、投敵的之外。其餘的基本是沿用了義興朝時的老班底，這個舉措看似簡單，但卻在很大程度上安撫延攬了人心。
只有沿用了三百年的軍制，卻在此時悄無聲息的發生了變化。以往的軍戶制度雖然沒有大刀闊斧的砍個乾淨，但已經是名存實亡。軍機處和臨時內閣聯合出臺的方略，其實便代表了朱平安在山東以來這麼多年積累下來的變革意見，經歷了這麼多年險些亡國滅種的變亂，軍制不變是絕對說不過去的。
原先的六部依然儲存，但兵部卻是被劃分出來。歸於軍機處的直接統轄之下，自此之後，兵事衙門也將自成一體，由軍機處直接統管。除了兵部之外，還成了後勤裝備部，將全面負責整個天下兵馬的一切供給。各省設立總兵府，由軍機處統一任命各省總兵，為當地最高兵事主官。但五年輪換一次。為防止總兵獨攬兵權，更名為監察部的督查室則將派駐武官至各省。擔任總兵副手，即各省都指揮同知，負責協助總兵管理各省的兵事。同時，四品以上官員俱都享有密摺專奏的權利，可以直達天聽，向軍機處和皇帝稟告一應事宜。
自義興、弘光兩次變亂之後。又經歷了鄭芝龍、滿清八旗南下的事情，朝中的文官集團元氣大傷，對於朱平安集團提出的變革方略，完全失去了抵抗反對的能力，就連朱聿鍵也無能無力。只能是匆匆的下詔用印推行天下。
熱熱鬧了一陣，朝堂之上重新歸於平靜，大部分朝臣們都面面相覷，不知道接下來該做什麼好，只能將目光投向如今臨時內閣和軍機處的一眾重臣身上。
果然陰世綱接下來提到的一件事情便勾起了眾人的興趣。那就是關於吳三桂的處置意見。
楊廷麟的山陝兵團入蜀，王應熊的四川兵馬和大西軍孫可望等人的餘部盡皆表示歸順朝廷，三路兵馬圍剿洪承疇所部，要不了多少日子，清軍最後的殘餘部隊就將灰飛煙滅。對於洪承疇這種曾經喪師辱國、而後又傾盡全力為滿清謀劃南下的亂臣賊子，自然是要全力剿滅、抄家滅族。
本來接下來便要輪到盤踞在廣西的吳三桂，但這個吳三桂卻是搶在前面，先一步剿滅了永曆朝廷的叛軍，殺了瞿式耘不說，吳三桂卻又在慶遠府親手絞殺了永曆皇帝朱由榔父子，聲稱自己將投效隆武朝廷，此舉便是為了朝廷誅殺叛國之徒。同時還將自己的兒子吳應熊和其餘子侄以及
