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下午，一切基本就緒之後，海明市宣佈封城並實施軍事管制，成立指揮部，由市長擔任總指揮，配合外圍指揮部統一全市各方面的行動並有隔離區內的臨時最終裁決權。隨即，總指揮下令，所有生活資料一律採用配給制並實行宵禁，所有跟處置應急事物無關的人被令儘量待在家裡，如果需要外出，活動區域限定在小區內，未經允許不得跨出。遊客等外地人則繼續待在賓館裡，參照本地居民的方式進行管理。
所有的公共運輸立即停止。
所有的營業活動立即停止。
所有的生產活動立即停止。
所有的對外交通立即停止。
所有的人員只許盡不許出。
與此同時，緊急向外尋獲鹼性肥皂，並將鹽水和鹼性肥皂可以殺滅這種新型細菌的方法透過各種途徑反覆告訴大眾。
在是否切斷對外通訊系統一事上，管理層有過激烈的爭論，主張切斷的人認為，如果任由這種對新型細菌所知很少、甚至失控的訊息傳播出去，目前海明市的危機很可能會演變成全國乃至全世界的恐慌，但最終達成一致，決定不中斷對外界的通訊系統，認定只要先於流言公佈最新情況就能夠最大程度減輕恐慌心理，從而求得民眾的支援和理解，這樣反而有利於控制局面。
不過，對普通百姓而言，儘管有廣播和電視等媒體反覆通告，但還是這被未知的恐懼所左右，唯一能夠想到的就是和親朋好友取得聯絡，打聽情況，或者上網查詢。一時間，電話打爆、手機忙音、網路擁堵，人們以為海明市已經實施全方位控制，防止瘟疫般和外界隔離，恐怖情緒陡然增加。而讓指揮部擔心的是隨著這種情緒的積累，局面控制很可能變得越來越艱難。
為了防止細菌擴散速度大於隔離明渠進展，傍晚時分，指揮部開始派人對已經遭到細菌汙染的地方進行警戒。
與海明市的指揮部相對應的，外圍援助也成立了以國家應急中心為底版的指揮部，一方面向市指揮部提供各種資訊和物質，更重要的是組織力量建成隔離帶。
事情的進展出乎每一個人的意料，似乎每個人對此都還遠沒有真正進入角色，不管他是第一次，還是已經多次接觸關於海明市遭受新型細菌侵襲的訊息。
國家應急中心收到的報告有時只有一個小時的間隔，可內容會有相當大的不同，似乎隨時隨地都有可能遇到意想不到的情況，如同對新型細菌本身不瞭解一樣，所造成的後果也讓人感到撲朔迷離。單就塌陷的面積而言，每隔一兩個小時就會很大差別。最後，不得不動用衛星遙感技術即時監控塌陷進展情況。人們驚訝地發現，下午四點鐘的時候，農田裡的塌陷面積已經擴大了一倍多，而且有明顯的跡象表面，新型細菌已經侵入普度江，因為有報告說，江內靠近海明河的地方突然出現許多氣泡，甚至附近有下水道發生爆炸而使井蓋飛出。專家們相信那是甲烷在裡面積聚的結果。
根據情勢的發展，專家們放棄了在海明市周圍開挖隔離明渠的打算，相信這樣近的距離用不了幾天就會被細菌越過，此時隔離明渠還遠沒有建成。最後，他們選擇離市中心平均十公里左右圈定隔離明渠，儘量利用現有的溝渠以降低工程量，而且把海明研究所所在的連綿在一起的幾座山也圈在其內，繞到山後，準備利用普度江上游支流當作隔離明渠的基礎。這樣一來，儘管隔離明渠總長度增加了兩倍多，但工程進展會快許多，更為重要的是便於今後維持渠內海水。
緊張的大局佈置之後，外圍指揮部著手研究開挖隔離明渠的具體方案。兩個小時後，他們在地圖上標出了線路，主要是利用現有河道或者灌溉系統，新開挖的線路並不很長，主要的問題是如何向連成一個系統的隔離明渠灌注海水並保持水位的同時，又要保住普度江水的下洩，因為
