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胡惟庸死後，此案並沒有因此結束，反而愈演愈烈，其罪狀逐步升級。洪武二十三年，即胡惟庸被殺十年之後，罪狀又升級為&ldo;通倭通虜&rdo;的&ldo;謀反&rdo;罪，說他勾結明朝的死敵蒙古和日本，這可是罪大惡極、十惡不赦的大罪名。這個案子牽涉到許多朝廷重臣，就連已經告老還鄉的第一任左丞相李善長也被家中惡奴告發，說看到李善長和胡惟庸在一起密談謀反大計，具體的談話內容沒聽著，只見胡惟庸說話，李善長點頭，表示贊同。於是這位在朱元璋打天下時一直跟隨身邊，為其出謀劃策，被朱元璋贊為&ldo;蕭何&rdo;的近八十高齡的李善長也難逃劫難，被賜死。除朱元璋的親生女兒臨安公主的丈夫（李善長的長子李祺）及他們的兩個兒子外，李氏一家男女老少七十餘口，被滿門抄斬。
為進一步加大打擊力度，朱元璋還特地頒布《昭示奸黨錄》，凡是他心存疑慮的大臣都被加上&ldo;胡黨&rdo;的罪名，被處死抄家。據記載，因胡惟庸案&ldo;連及坐誅者三萬餘人&rdo;，並&ldo;株連蔓引，迄數年未靖&rdo;。胡惟庸被殺後，朱元璋進罷丞相，革中書省，並嚴格規定嗣後不得再立丞相；臣下敢有奏請說立者，處以重刑。丞相廢除後，其事由六部分理，直接歸皇帝統領，皇帝擁有至高無上的權力，秦漢以來實行了一千多年的宰相制度至此被廢除，中央集權得到進一步加強。
對於胡惟庸到底有無謀反之心，歷史上很有爭議。明朝史學家鄭曉、王世貞等皆持否定態度，認為朱元璋是想借胡案來肅清開國功臣。事實上因&ldo;胡黨&rdo;而受株連致死或已死而追奪爵位的開國功臣有李善長、南雄侯趙庸、滎陽侯鄭遇春、永嘉侯朱亮祖等一公、二十一侯。另一個讓人對胡惟庸謀反說心存疑惑的地方，是朱元璋對告發胡惟庸謀反的御史中丞塗節的處理。按理說塗節告發胡惟庸謀反，自然應該是有功勞的，即使不封賞也不應該降罪，但朱元璋在誅殺胡惟庸後不久就將塗節處死，理由竟然是塗節告發太遲，讓人不由懷疑是否有殺人滅口之嫌。
胡惟庸案才稍稍平息，那些倖免於難的功臣們剛剛鬆了一口氣，朱元璋又興藍玉大獄。洪武二十五年（公元1392年），三十八歲的皇太子朱標一病身亡，這對於已進入花甲之年的朱元璋來說，不啻當頭一擊。他在反覆斟酌之後，最後選定了年僅十六歲的皇太孫朱允炆作為接班人。畢竟朱允炆還是年幼無知的孩子，朱元璋擔心皇太孫勢孤力單，自己一手建立的大明王朝會落入他人之手，便下定決心再進行一次大清洗，把剩餘功臣宿將收拾殆盡，他首先對大將藍玉下刀。
藍玉是開平王常遇春的妻弟，素以英勇善戰而得重用，數次統兵出征，立有大功，洪武二十年升為大將軍。由於戰功顯赫，藍玉被朱元璋喻為大破匈奴的漢代名將衛青和唐代名將李靖，並封他為涼國公。藍玉遂因此日益驕傲起來，侵佔民田，鞭打來執行公務的御史，廣蓄莊奴，仗勢欺人。雖然藍玉為朱家天下出生入死，立下汗馬功勞，但看到朱元璋京城內大開殺戒，心中也感到非常懼怕。他說：&ldo;本朝官員，哪個有始終？&rdo;果不其然，災難終於降臨到了自己的頭來。
洪武二十六年，錦衣衛指揮蔣獻誣告藍玉&ldo;謀反&rdo;。在嚴刑拷打之下，藍玉不得已承認與景川侯曹震、鶴慶侯張翼、吏部尚書詹徽等人，企圖趁朱元璋出宮舉行&ldo;藉田&rdo;儀式時，發動兵變，結果藍玉等人被處以極刑。藍玉案雖然只持續兩個多月，但連坐被族誅的人達一萬五千人，其中不少是軍中勇猛剛強之將。為了使這一屠殺名正言順，避免引起群臣激憤，朱元璋特地下手詔，頒布了《逆臣錄》，向天下詔告叛逆之臣的罪名。然而有人提出，從保留下來的《逆臣錄
