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月岡的同事小林(千秋實飾)由於水上飛機的引擎故障而迫降的，不再是大戶島而是巖戶島。小林和前來救援的月岡同時看到哥吉拉和安基拉斯在島上展開激烈的打鬥。兩隻怪獸的行動因低速攝影顯得特別快速，此時電影還搭配上輕快的配樂。這都和上一集哥吉拉那種腳步響徹地底的沉重感截然不同。香山稱這部電影中出現的哥吉拉為「二世」，由於氫彈試爆，不僅喚醒了二代哥吉拉，也喚醒攻擊性強的兇暴安基拉斯。而這部續集裡怪獸的生存年代則是設為「一億五千萬年前至七千萬年前」，訂正了第一集 「兩百萬年前的侏羅紀」的錯誤資訊。
後來，第二代哥吉拉離開了巖戶島，故事的舞臺也轉往大阪灣，而兩頭兇猛的巨獸上岸後，在打鬥中破壞了大阪城等建築物。第二代哥吉拉倒安基拉斯後從大阪消失，卻又出現在北海道，簡直就像是前一年洞爺丸颱風一樣的北上動向。它的路線跟《原子怪獸》由北至南恰好相反。當然，第一代哥吉拉也是由南至北，不過它最後是停止在東京灣。月岡後來開始尋找遇難的漁船，而在千島列島中的神子島發現了哥吉拉。
雖然《哥吉拉》常常被人指出其中的戰爭影射，不過《哥吉拉的逆襲》裡卻是更加露骨。這部片很直接明顯地呈現了一九四五年三月十三、十四日大阪大空襲的歷史。為了避免第二代哥吉拉經過紀伊水道在大阪灣登陸，大阪全面實施燈火管制，並由防衛隊的飛機投射照明彈，將哥吉拉引出大阪灣。漆黑中靜靜點燃、冒出白光的照明彈，很容易就令人聯想到燒夷彈。可在同時間，趁亂逃獄的犯人搶了油罐車，又被警方逼進儲油廠而翻車爆炸。結果熊熊火勢把哥吉拉給吸引回大阪市區，讓大阪灣陷入一片火海。月岡任職公司的罐頭工廠，也跟著付之一炬。
月岡屬於那種和大學同袍一同乘著飛機投入戰爭的日本人。在大阪被怪獸毀滅後，他立刻跟隨著小林，轉往公司投入不少心立的北海道分部，在那裡卻見到了過去軍中的隊長。雖然這裡指的是美軍於冷戰時期接管的千歲基地裡的日本航空預備隊，不過一如往常，很奇妙地看不見駐日美軍。此外，在第一代《哥吉拉》中，恩田清二郎飾演憂心國際觀感的大山議員，但在《哥吉拉的逆襲》裡卻成了航空隊隊長，這雖然讓觀眾感受到奇妙的落差，但畢竟此時這系列的電影還沒有來自世界各國的影評。月岡的同伴們都加入了航空防衛隊，也使得月岡、小林後來也加入了與二代哥吉拉的決戰。月岡可說是透過在北海道和「戰友」再次相會，取得了屬於自己的全新任務。
這部電影和《哥吉拉》一樣，羅曼史的勝利者透過犧牲小我，讓自己成為引導勝利的史詩英雄。不過因為月岡已經和社長千金在一起，所以這一次犧牲自己來引領戰勝哥吉拉的角色，則變成了一起走過戰火的同事小林。小林的命運清楚地以影像表達了出來：當月岡在北海道和以前的同窗重逢飲宴時，只有小林在其他的房間中喝下社長敬他的酒，也就成為了訣別酒。後來，秀美還問小林有沒有女朋友，但同時間二代哥吉拉又突然出現在北海道的海上。由於小林急著出動，因此不小心將自己的筆記本掉在現場。此時畫面上可以看到筆記本中，小林的照片底下還夾了一張綁著麻花辮的女性照片。只是，小林的照片後來卻成了遺照，那位女性也成了得要收到小林死訊的物件。此外，小林看見哥吉拉時也像新吉一樣咒罵著「畜生」。
最後小林等人在「北緯五十三度，東經一百四十八度」的神子島攻擊哥吉拉，當他發現航空防衛隊的噴射戰鬥機無法對哥吉拉造成傷害，小林的水上飛機便前往迎擊哥吉拉。結果小林因為飛機被哥吉拉的放射能白熱光擊中撞向冰壁而犧牲。不過也因小林的犧牲，大家發現或許可用雪崩將哥吉拉埋在冰壁中。接著月岡為了替小林復仇，於是志願從螺旋槳機換為戰鬥機，為了吊念小林，
