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陽曆10月，工部的一位官員因為皇帝允諾的冊立太子的期限在即，立儲大典的各項開銷理應由他負責籌備，他就編造預算，呈請皇帝批准。皇帝的未批使全體文官為之瞠目咋舌。未批說，他早已宣告不難臣下在一年之內催促他立儲，這個工部官員借編造預算為名而行催促之實，這就是違反了他的命令，而他也就必須按照宣告中所說的那樣，把立儲延後。這種故意的節外生枝不禁使群臣深感憂慮，太君如此缺乏誠意，他將用什麼來維持威信，統治國家？於是他們聯名奏請皇帝收回這一硃批，並希望他親口許諾的明春立儲一事能付諸實現。因為申時行正在病中，內閣大學士的聯名呈請，由二輔許國執筆。但這份奏章仍然由申時行領銜。
這一大規模的抗議使龍心赫然震怒。申時行獲知皇帝的反應，立即呈上一份揭帖，說明內閣的聯名奏章雖然列上他的名字，他事先卻並未與聞。被孤立的皇帝親自在硃批中感謝申先生對他的忠愛之忱。事情本來可以在這裡結束，因為大學土的揭帖系秘密文書，經過御覽以後向例是退回本人而不公佈的。但是這一揭帖偏偏為許國所截獲，他就毫不客氣地送交給事中辦公室抄錄公佈。申時行立刻向給事中索回原件不準公佈，但其內容已經在文官中傳遍，而且這種索取已發科抄寫的檔案也屬違背成憲。
這樣重大的事件逼得當時值目的繪事中參劾申時行，參劾的措辭還十分嚴厲，說他&ot;遁其辭以賣友，秘其語以誤君。陽附群眾清立之議，明綴其事以為內交之計&ot;，&ot;陛下尚寬而不誅，高廟神靈必陰硬之。這意思說，申時行是一個十足的兩面派和賣友誤君的小人，即使皇上不加處罰，洪武皇帝的神靈也會對他加以珠戮的。
萬曆皇帝開始並沒有體會事情的嚴重性。他降旨勒令這個給事中降級調往外省，並命令申時行照常供職。申時行準備遵旨回到內閣，然而文官們的情緒已經如火如荼，不可遏止，一個接著一個遞上了參劾申時行的本章。很明顯，申時行無法抵禦這些道德上的控訴，他的威信已經掃地以盡，再也無法取得同燎的信任。這種局勢一經明朗，他除了辭職以外，別無他途可供選擇。在這種情況下，皇帝的慰留也無濟於事。要是再戀棧不去，他就必然成為張居正第二。
在聽任申先生離職之前，皇帝不能沒有必要的措施以重振自己的權威。那個發難參劾申時行的給事中由降級外調而加重為革職為民。這是因為他受到了文官的表揚，而要皇帝收回處罰他的成命；而在皇帝那裡，雖然無法挽留群臣所不齒的大官，卻必須表示有能力斥退他們所欣賞的小官。其次輪到了二輔許國。多年來他和申時行在表面上似乎同心協力，這一事件暴露了他對申時行的嫉忌，而他故意公開申時行的秘密揭帖，說明瞭他的秉性並非忠厚，這種人自也不應在御前擔任要職。由此，許國也被參劾，皇帝批准他&ot;回籍調養&ot;。兩天以後，皇帝才接受了申先生的辭呈。
在這一場悲劇性的衝突之中，沒有人取得勝利。立儲一事竟惹起了如許風波，使兩個大學土相繼離職。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因為怕把事情弄僵而不可收拾。萬曆也很清楚，無論他多麼寵愛鄭貴妃和常詢，這廢長立幼一舉決不會被廷臣所接受，如果公開堅持自己的主張，最後勢必引起大規模的流血，這是與他所崇奉的佛教宗旨相違背的，而且流血之後也未必就能如願以償。基於雙方的這種考慮，就形成了暫時的僵持局面。
在處理立儲這個問題上，萬曆犯了很多錯誤。他的第一步是冊封鄭氏為皇貴妃，位於皇后之下而在其他妃嬪之上。子以母貴，常詢超越常格而立為皇儲，就可以順理成章。然而在絕大部分文臣看來，這是以幼苗長，自然不合於倫常之道。
萬曆本人也同樣找不到充分的理由以公開自己
