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胡適回臺還有一個重要因素，是他讀中國公學時的老師王雲五力勸其歸臺任“中央研究院”院長。
胡適對“中央研究院”情有獨鍾。還在大陸時期，胡適就是研究院歷史語言研究所的通訊研究員。流亡海外後，胡適受朱家驊之託，為研究院爭來一筆可觀的資助金。他還於50年代中期，在紐約主持召開過研究院海外院士會議。正因為胡適對“中央研究院”建樹良多，故當1956年12月臺灣在“炮轟”胡適時，“中央研究院”卻反其道而行之，出版《慶祝胡適先生六十五歲論文集》，為其大唱讚歌。
1958年4月10日，胡適正式就任“中央研究院”院長。本來，這時的胡適已過了退休年齡一年半，理應享受老人應有的權利，靜下心來著書立說，做自己喜歡做的事情。但他為了公眾的學術事業，還是捨棄了個人利益。 。。
胡適（4）
在簡樸的就職典禮上，胡適還和前來祝賀的蔣介石產生了小小的摩擦。蔣介石在祝詞中除希望“中央研究院”配合政府的“*抗俄”使命外，大加讚揚胡適“個人之高尚品德”。胡適聽後不以為然，直陳道：“‘總統’誇獎我的話是錯誤的。我被共產黨清算，並不是清算個人的所謂道德。他們清算我，是我在大陸上，在中國青年的思想上、腦筋裡留下許多‘毒素’。我們在年青的時候，受到了新學問、新文化、新思想、新思潮、新的思想方法的影響……”胡適敢於藐視最高統治者，一直堅持實話實說的原則，這體現了一個知識分子的獨立人格。
胡適在就職致辭中，還對大陸的批胡運動作出回應。他說，“共產黨要清算胡適，便是胡適在幾十年來提倡科學方法”，這個科學方法的要點是“拿出證據來”，即“什麼東西都要拿證據”。據胡適的解釋，大陸最怕的是他這個科學方法，清算他的目的就是要消除這個方法所造成的“流毒”。因為長期以來，胡適總是對學生說，他考證《紅樓夢》、《水滸傳》，就是要借這種人人掌握的小說材料提倡一種科學方法，教年輕人掌握這種方法，等於孫行者身上有三根救命毫毛，保證他們不受任何人欺騙。什麼東西都要拿證據來，大膽地假設，小心地求證。這種方法可以打倒一切教條主義、盲從主義，不被人“牽著鼻子走”。胡適這裡強調什麼都要講究證據，是正確的。大陸在批判他時，連這一點都加以否認，這正是教條主義和盲從主義的表現。
對蔣介石要胡適把“中央研究院”辦成“*抗俄”的陣地一事，他也委婉地作出回應：“我個人認為，我們學術界和‘中央研究院’挑起‘*復國’的任務，我們做的工作還是在學術上，我們要提倡學術。”胡適鄭重宣告：“我的話並不是反駁‘總統’，‘總統’對我個人頗有偏私，說的話我實在不敢當。我覺得我們的任務，還是應該走學術的路。”暗指不走蔣介石所指定的政治之路。胡適不願意政治主宰學術，把眾多院士捆綁在國民黨的政治戰車上，一再強調獨立發展學術，建立獨立的學術環境，表現了他作為最高學術機構一院之長的學術良心。
胡適不僅自己在學術上獨樹一幟，而且在做學術領導工作方面，也顯出很高的才能。他痛感人才流失嚴重：出去深造的學生中，百分之九十五不願回來服務。在中國香港、新加坡各地大學，也爭相向臺灣各大專院校高價競聘教授。為了改變這種狀況，胡適草擬了十一條措施加以補救，其中有撥專款、設立“研究補助費”、所有研究機構的學術刊物經費由政府承擔等項。幾經力爭，“行政院”在核準這筆預算時，還是壓縮了一大半。
無論是學術威望還是領導才能，胡適均有巨大的號召力。臺灣文化界在胡適所標舉的科技振興工程的感召下，個個雄心勃勃。胡適也果然不負眾望，他在海內外積極蒐羅各種人才，併為年輕一代新任院士耗盡心血。舉
