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在秋天的七月，首先進行了太廟的祭祀活動。然後，皇帝任命貝勒勒克德渾為平南大將軍，與固山額真葉臣等人一同前往江南，接替多鐸的職務。為了表示對明太祖的尊重，設定了四名守陵太監，並分配了二千畝的祀田。不久後，明東平侯劉澤清率領他的部下投降了。
在人事方面，劉應賓被任命為安廬巡撫，土國寶為江寧巡撫，而謝弘儀則被派去招撫廣西。皇帝還下令，軍民在服飾上必須遵守國家的規定。同時，何鳴鑾被任命為湖廣巡撫，高鬥光為偏沅巡撫，潘士良則負責鄖陽的撫治工作。皇帝還向上太祖武皇帝、孝慈武皇后、太宗文皇帝在太廟中供奉了玉冊玉寶。
為了減輕百姓的負擔，皇帝決定免除西安、延安等地的部分稅收。同時，西平地區的叛亂首領劉洪被誅殺，汝寧的州縣都得以平定。黃河在兗西決堤，但新的月堤被迅速築起以防止進一步的災害。
在八月，皇帝又免除了霸、順義等八個州縣的災害賦稅，以及彰德、衛輝、懷慶、河南各府的荒賦。英親王阿濟格在戰爭結束後回到朝廷，皇帝根據戰功賞賜了外藩王、臺吉、將佐等人。同時，由於金聲桓的投降，他成功討伐了故明益王，並俘虜並處決了王養正等人。然而，因為阿濟格在出徵中有過錯，他的爵位被降為郡王，譚泰也被削去公爵，降為昂邦章京，而鰲拜等人則受到了不同程度的處罰。
九月，故明魯王的將領方國安和王之仁侵犯杭州，但被張存仁擊退。為了加強江西的防務，皇帝派遣了鎮國公傅勒赫、輔國公札喀納等人率兵前往。隨後，故明懷安王投降了清朝。不久後，故明新昌王佔據雲臺山並攻擊興化，但被準塔擊敗並斬首。為了恢復農業生產，皇帝決定將河間、灤州、遵化的荒地分給八旗耕種，並將故明勳戚內監的餘地也分給八旗。最後，田仰侵犯福山，但被土國寶擊敗。在江西的南昌等地，十一個府都被平定。
十月癸未日，皇帝任命馬國柱為宣大總督。戊子日，前明朝的翰林金聲接受唐王的命令，在徽州起兵，兵力達到十餘萬。然而，洪承疇派遣的提督張天祿在績溪連連擊敗他們，捕獲了金聲。金聲不屈服，最終被殺害。此時，前明朝的唐王朱聿釗佔據福建，魯王朱彝垓佔據浙江，馬士英等人則渡過錢塘江結營抗命。庚寅日，皇帝免除了寶坻縣的荒賦。壬辰日，又免除了太原等府州的災賦。癸巳日，豫親王多鐸率軍返回，皇帝親自到南苑迎接並慰勞他。丙申日，任命苗胙土為南贛巡撫。乙巳日，太宗的次女固倫公主下嫁給察哈爾汗子阿布鼐。丙午日，任命申朝紀為山西巡撫，李翔鳳為江西巡撫，蕭起元為浙江巡撫。戊申日，加封和碩豫親王多鐸為和碩德豫親王，並賜予隨徵的王、貝勒、貝子、公以及外藩臺吉、章京等人不同等級的金幣。同時，命令孔有德、耿仲明返回盛京。
十一月壬子日，任命張存仁為浙閩總督，羅繡錦為湖廣四川總督。癸丑日，前明朝的大學士王應熊、四川巡撫龍文光請求投降。甲寅日，任命吳景道為河南巡撫，命令巴山、康喀賴為左右翼，與洪承疇一同駐防江寧，朱瑪喇駐防杭州。同時，貝勒勒克德渾率領鞏阿岱、葉臣等人討伐湖廣的流賊二隻虎等人。己未日，朝鮮國王李倧請求立其次子淏為世子，皇帝准許了。丁卯日，朱瑪喇在餘杭擊敗了馬士英，和託在富陽擊敗了方國安。然而，士英、國安又窺視杭州，但被梅勒章京濟席哈等人擊退。戊辰日，任命何洛會為定西大將軍，派遣巴顏、李國翰率領軍隊與他會合，討伐四川的流賊張獻忠。戊寅日，任命陳之龍為鳳陽巡撫。
十二月己卯朔日，出現了日食現象。乙酉日，前明朝的閣部黃道周侵犯徽州，洪承疇派遣張天祿擊敗了他。同時，前明朝的總兵高進忠率領其部下從崇明來投降。癸巳日，佟養和、金聲桓進兵討伐福建，並分兵攻打南贛，擊敗了前明朝的永寧王、羅
