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共產黨的活動；
第二科：主要負責調查監視日本共產黨的地方組織，並負責對中國、蘇聯、朝鮮等國的情報活動；
第三科：主要負責調查監視日本工會的活動；
第四科：主要負責調查監視一些學生團體的活動。
調查二部：主要負責調查監視在日本的外國人的犯罪活動合右翼分子。該部下設三個科：
第一科：主要負責調查監視在日朝鮮人聯合總會的活動；
第二科：主要負責調查監視在日外國人的犯罪活動；
第三科：主要負責調查監視右翼分子的活動。
總務部：主要負責行政、後勤、人事、財務、資料等。
研修所：主要對情報資料進行處理、研究和整理。
除此而外，公安調查廳在全國各警察管區所在地共設8各地區級公安調查局和38個縣級公安調查局，僱傭2000餘人從事情報與反情報、間諜與反間諜工作。
防衛廳的情報系統（1）
防衛廳是日本最高軍事結構。它負責軍事情報工作的部門有第一科、第二科，各參謀本部的調出部以及大本營的第二參謀室。
防衛廳防衛局
防衛廳防衛局設有專門負責對外進行軍事諜報活動的調查一科和調查二科，它的主要任務是：
蒐集、整理有關防衛、警備方面的資料；
指導陸上自衛隊、海上自衛隊、航空自衛隊各情報間諜機構的工作；
綜合上報軍事系統蒐集的情報；
與內閣調查室、外務省等機關聯絡；
派遣和掌握日本駐國外大使館的防衛駐在官。
日本駐外防衛駐在官，即日本派遣到國外的武官，其主要任務是蒐集外國的軍事情報。根據《日本外派防衛官駐在法》的規定，駐外防衛駐在官只是使館的一個成員，由大使管轄，不能直接同其派遣機構——日本防衛廳防衛局聯絡。日本駐外防衛駐在官“要服從外務省駐外使館長的指揮和監督”，以免發生過去駐外武官左右駐外使館的局面。
自衛隊資料隊
自衛隊資料隊成立於1952年，是一個軍事情報組織。
自衛隊資料隊的任務起初是對部隊所在地及司令部進行警衛、調查，後來工作範圍逐漸擴大，為了編寫《警備地誌》，它對全日本的地形、交通、航行、通訊以及市容、氣候、經濟、政治社會和警察、消防、重要設施等情況進行了詳盡的調查，並繪成包括上述內容的國內戰鬥作戰簡明地圖。該隊還負責對社會黨、共產黨、工會、反戰團體和其他激進派組織所在地、領導人及其住址等情報的蒐集。
根據日本新聞媒體透露，自衛隊資料隊目前已把一般情報活動作為自己的工作重點，並按陸海空三軍進行編制，其中以陸上自衛隊資料隊為最大，有隊員200餘人；海上自衛隊資料隊有40餘人，航空自衛隊資料隊有40餘人，大部分是情報專家。各自衛隊資料隊均有參謀長指揮、監督。
這些資料隊以蒐集國外公開發行的報紙、雜誌、圖書為主，有組織地翻譯這些材料，並透過字裡行間發現有價值的情報，逐條編輯，彙整合《情報資料日報》和《技術資料日報》，報送陸海空自衛隊。蘇聯的《紅星報》和《軍事報》、中國的《人民日報》和《解放報》、美國的《航空與空間技術週報》、聯邦德國的《士兵與技》等，都是各資料隊的常備刊物。譬如，自衛隊資料隊可以蘇聯列車和客機時刻表，退出西伯利亞鐵路運輸能力和飛機場跑道的長度；從增發運送工人上班的列車班次查明中國新油田的位置；從人事變動的報道分析中分析出蘇聯部隊調配情況；從《沉著應對故障的駕駛員》的文章中，分析出蘇聯飛機燃料系統的弱點等等。
