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自衛隊調查隊
自衛隊調查隊的主要任務是反間諜、反策反和防止洩露秘密，它活動的範圍遍佈全日本。
日本的陸、海、空三軍各軍司令部均設有調查隊，人數總量在799人左右。其中陸上自衛隊調查隊規模最大。調查隊在每一個團級部隊中設有1～2名調查員，負責反間諜活動。
自衛隊調查隊的具體任務是對自衛隊有關人員的社會關係和私生活進行調查，查訪有無洩密和間諜活動等情況。
自衛隊調查隊的另一個工作是與自衛隊資料隊一起編制日本《警備的志》。
陸上自衛隊參謀部第二部
陸上自衛隊參謀部第二部又稱日本陸軍參謀部情報部或調查部，它是日本陸軍情報機構的領導機關，是日本軍事情報系統的“主幹”，80％的日本高階軍事諜報人員集中在這個機構內。
陸上自衛隊參謀部第二部不僅蒐集陸軍作戰所需的情報，還為全日本的軍隊及其日本政府提供軍事、政治、經濟、科技等情報。
陸上自衛隊參謀部第二部下設四個課：
調查一課：即對內情報課，負責收集日本國內的情報。
防衛廳的情報系統（2）
調查二課：即對外情報課，負責收集國外情報。
調查三課：即業務課，負責制定偵察計劃。該課還設有特情組，負責指導日本軍隊中的特情活動。
調查四課：負責竊聽破譯密碼等活動，簡稱別室。
除以上四課外，該部還設有翻譯課、地形課、總務課等。
二部別室
陸上自衛隊參謀部第二部“別室”是日本最秘密的軍事情報機關，素有“日本的美國國家安全域性之稱”。
陸上自衛隊參謀部第二部“別室”是日本陸、海、空三軍聯合技術偵察機構，成立於1958年，總部設在東京市谷，在全國有7個通訊所和2個分遣隊，分佈在日本各地，裝備有高效能的電子監聽裝置，晝夜不停地工作。
陸上自衛隊參謀部第二部“別室”的主要任務是負責截收電訊，破譯密碼等電子情報，特別是偵聽以中國、蘇聯（俄）、朝鮮為重點的各國無線電通訊，截獲破譯其密碼。所獲得的情報透過內閣情報調查室上報國防會議和內閣總理大臣。二部別室共有工作人員1200人，每年經費超過10億美元。他名義上屬於自衛隊陸上本部領導，實際上直接受內閣情報調查室指揮。
1971年9月13日，中國發生林彪乘機叛逃摔死在內蒙古溫都爾汗事件，國外第一個偵聽到這一重要情報地就是日本二部別室。1983年，蘇聯在其遠東上空擊落了韓國客機，二部別室準確地截獲了蘇聯殲擊機同地面指揮部進行聯絡的內容，破譯了蘇聯從發現韓國客機進入蘇聯領空下令發射導彈擊落客機的全過程的訊號，並及時向美國提供了蘇聯飛行員與指揮部對話的錄音帶，對偵察瞭解這一事件的真實過程提供了最翔實的資料。
防衛廳情報委員會和情報本部
為了加強軍事情報的蒐集能力和分析能力及適應冷戰後多變的國際形勢，實現由防衛廳防衛局、陸海空格參謀本部、參謀長聯席會議獲得的情報一元化，日本防衛廳在1992年成立了情報委員會，下設“情報企劃小組委員會”。
防衛廳情報委員會是在這樣的背景下組建的：防衛廳防衛局原是負責軍事情報的部門，在防衛局有調查一課、二課，各參謀本部有調查部，參謀長聯席會議有第二參謀室等等，這些情報部門除監聽軍事通訊聯絡、分析美軍提供的衛星圖片外，還利用全國28處雷達基地和反潛預警機PZC等蒐集別國航空和軍艦的情報。然而，上述這些情報活動都各自獨立進行，經常有幾個部門都分析同一內容情報的情況，
