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【哥吉拉對大戶島發動攻擊】歷劫歸來的漁夫‐‐政治終於回到大戶島，但此時當地居民因捕不到魚而苦不堪言。來自東京的荻原記者搭直升機採訪大戶村災情，雖然荻原不相信政治曾在遇難時看到龐大生物，但萩原在參觀祭神舞時，從村裡耆老的口中聽聞哥吉拉的傳說。當晚大戶島突然下了一場暴風雨，哥吉拉不但在豪雨中踏平了數間民房，連政治及其母親也死於坍塌的房子裡，政治的弟弟新吉則成了孤兒。
【調查大戶島與防衛隊的反擊】日本國會聽取大戶島陳情團的調查報告後，決定派遣調查團前往大戶島，因此古生物學家山根博士、惠美子、尾形等人到達該處進行調查。調查團在大戶島當地發現哥吉拉的足跡，並從足跡中檢測出放射線反應。此時，村中的警鐘大響，原來哥吉拉出現在村子的另一頭，調查團遂將哥吉拉的身影以相機拍下來。國會在接受調查團的報告後，議員們不斷爭論是否該公開氫彈試爆造成了哥吉拉的產生。雖然防衛隊派遣巡防艦攻擊哥吉拉，但看到此新聞的山根博士無法認同消滅哥吉拉的決定，感到灰心喪志的他只能關在書房裡愁眉不展。然而在巡防艦發動攻擊後，東京灣的遊輪乘客們目擊到哥吉拉正接近日本本土。
【哥吉拉第一次對日本本土發動攻擊】從國外獲得訊息的荻原和惠美子一同拜訪芹澤博士。雖然芹澤博士否認自己擁有能消滅哥吉拉的科技，但在荻原離開後，芹澤博士讓惠美子前往地下研究室參觀該科技。看過秘密科技後，惠美子呆然地回到家中，但同時哥吉拉正從品川海灣登陸日本。哥吉拉不但無視於防衛隊的反擊，還不斷破壞當地建築物、品川車站的電車，直到該處成了一片火海後才離去。
【哥吉拉第二次對日本本土發動攻擊】日本政府下令東京灣沿岸佈置電網，並要求當地居民立刻避難。另一方面，尾形雖然打算和山根博士提親，不過山根博士因為絕望於人類無法學習「哥吉拉的生命力」，所以在這個話題上和尾形起了爭執。接著哥吉拉從芝浦海灣再次登陸日本，無視一般武器和電網的攔阻，吐出放射能火焰，將銀座地區化為焦土，從勝哄橋的方向離去。其間，松坂屋百貨公司、日本劇場、國會議事堂也遭到了破壞。惠美子在看到死傷慘重的災情後，決定將芹澤博士的秘密科技告訴尾形。雖然尾形和惠美子力勸芹澤博士用水中氧氣破壞裝置消滅哥吉拉，但芹澤博士以該武器的破壞力遠超過氫彈為由拒絕。經過說服後，芹澤博士決定動用水中氧氣破壞裝置，並約束這是唯一一次將秘密科技作為武器使用。
【殲滅哥吉拉】尾形和芹澤博士在巡防艇上穿好潛水服後潛入海底，再用水中氧氣破壞裝置攻擊哥吉拉。獨留海中的芹澤博士在確認完武器威力後祝福尾形「婚後要幸福的活下去」，便將氧氣傳輸管切斷，以自殺的形式葬送水中氧氣破壞裝置的研發方法。雖然眾人看著慘叫的哥吉拉死亡，但山根博士卻喃喃說道：「這絕不會是最後一隻哥吉拉」，讓結尾在不安的氛圍下邁向劇終。
主要角色(所有角色的年齡設定是參考自《檢驗哥吉拉的誕生》)
山根恭平(55) 志村喬飾，古生物學者、芹澤博士的老師
山根惠美子(22) 河內桃子飾，山形博士的女兒
尾形秀人(27) 寶田明飾，南海船隻打撈所的所長，惠美子的男友
芹澤大助(27) 平田昭彥飾，化學家，水中氧氣破壞裝置的發明者
萩原(28) 堺左千夫飾，每朝日報的記者
政治(24) 山本廉飾，大戶島的漁夫
新吉(17) 鈴木豐明飾，政治的弟弟
主要製作人員
導演 本多豬四郎
特殊技術 圓谷英二
