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遼東軍閥集團的話事人祖大壽則接到了京城的命令，讓他進京面聖，並&ldo;高升&rdo;為五軍都督府左都督，同時協理京營戎政。放在以往，這種&ldo;杯酒釋兵權&rdo;的套路絕不會讓祖大壽上鉤，可是當吳三桂被處斬的訊息傳回來後，加上瓊海軍宣稱即將北上寧遠&ldo;演習&rdo;，面對重重壓力，祖大壽終於在夏天南派出的秘使威逼利誘下放棄了軍權，去京城養老。接替遼東總兵官和徵遼前鋒將軍的人選則是在遼南立下赫赫戰功的孛日帖赤那，也就是前瓊海軍陸戰隊指揮官慕容龍城。接替陸戰隊指揮權的則是副手博爾忽。
永曆皇帝繼承大統後，頒布聖旨，在京城修建&ldo;徵虜大將軍府&rdo;，規定全事和重大政治決定都要透過大將軍的決定才能施行。永曆元年之後，大將軍府成了明王朝實際上的權力中心，與日本的幕府有異曲同工之妙。夏天南透過這種&ldo;和平演變&rdo;的方式掌握了大權，卻沒有引起全國太大的反彈。
瓊海軍成了將軍府直屬部隊，將駐地移到了天津衛，並且繼續擴充，達到了八萬人，並保持了將近五萬人的預備役部隊。由於大將軍府決定今後的對外戰爭都交給瓊海軍承擔，所以幾大邊鎮的軍隊，除了關寧軍是按照瓊海軍的方式改編外，其餘邊鎮都進行了兵員清理，裁撤冗員、削減空餉名額，縮減了軍隊規模，據實撥付糧餉，一定程度上減輕了中央財政負擔。
因為荷蘭東印度公司的屈服、西班牙勢力的衰退，南面海疆沒有了強大的對手，海軍僅在瓊州保持了一支常備艦隊守住南海門戶，其餘戰艦都調到了渤海灣，配合擴編後的陸戰隊，以旅順口、皮島為據點，以登萊為後方基地，掌握了遼南半島的控制權，保持對滿清的壓力。面對遼南能夠威脅後方腹心之地的&ldo;釘子&rdo;，以及重新改編後更具攻擊性的關寧軍，皇太極不敢輕舉妄動，接下來的兩三年都不敢發動大規模的軍事攻擊，幾次對寧錦防線和遼南的試探性進攻都被輕而易舉化解。以往那種繞過長城，在內陸如入無人之境的現象一去不復返。
遏制住滿清的南下後，夏天南騰出手來收拾國內局面。擴編後的第二軍和第三軍共計五萬多人挺進西北，第一軍則留在北直隸作為守衛京城的衛戍部隊。五省總督洪承疇成了剿寇總顧問，負責排程原有的官兵協助瓊海軍作戰。
為了支撐全國的軍事行動，在臺灣開發立下大功的朱大典被調回，任命為兩江總督，負責整個江南地區及江西、河南的軍政事務，兼理糧餉和兩淮鹽政。跟隨他返回內陸的，還有臺灣墾荒歷練出來的一萬多屯丁。朱大典接到的指令，是對江南這個富庶之地進行清丈隱田，一勞永逸地解決明末財政問題，實現賦役均平。
轟轟烈烈的清丈隱田全面鋪開，觸犯了很多勛貴、豪紳、官宦的利益，明裡暗裡的抵制層出不窮。宗室勛貴公開抵抗清丈，官員、豪紳暗中賄賂辦事人員，並將餘糧隱藏，並串聯溝通，喊出了&ldo;不納粒米與朝廷&rdo;的口號，企圖以整個江南拒絕繳納糧賦的辦法施加壓力，讓清丈流產。
大將軍府的應對辦法是從臺灣、瓊州調集數十萬石糧食海運入京，彌補江南沒有及時繳納上解糧賦的虧空，並針對性發出了&ldo;寧遠不徵江南一粒米，也要清丈到底&rdo;的強音。有了這樣的底氣，朱大典在夏天南的授意下對江南的特權階層進行了&ldo;史上最嚴酷的打擊&rdo;。參與抵制的勛貴們被永曆皇帝下旨或貶為庶人，或被削奪宗祿；涉及到的官員一律免職；豪紳則抄查家產，&ldo;鎖拿治罪&rdo;。
鐵腕政策讓清丈隱田得以順利進行，比張居正時代的改革更為成功，根據新編的魚鱗圖冊，江南地區新增的田畝達到了三萬萬畝（3億畝），大明捉
