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診斷家畜傳染病的常用方法：臨床綜合診斷、實驗室診斷。
臨床綜合診斷：臨診診斷、流行病學診斷、病理學診斷。
實驗室診斷：組織病理學診斷、微生物學診斷、分子病原學診斷、免疫學診斷。
(二)實驗室診斷
1、組織病理學診斷：觀察組織學病變，有些疫病引起的病變不明顯；有些疫病具有相同的解剖變化，肉眼難作出判斷。
2、微生物學診斷：
1病料的採集：採集哪些組織器官，採集方法；
2病料塗片、鏡檢：抹片，觸片，特徵形態； （巴氏桿菌，鏈球菌等)
3分離培養和鑑定：培養基，雞胚，細胞等分離，再鑑定；
4動物接種試驗：選擇最敏感的實驗動物進行人工感染試驗，小鼠，豚鼠，家兔等，剖檢觀察，分離鑑定。
(口蹄疫能夠致死7~9日齡乳鼠，豬水泡病不會)
3、免疫學診斷
1血清學實驗：凝集試驗、血凝和血凝抑制試驗、中和試驗、沉澱實驗、免疫熒光試驗、免疫酶試驗ELISA等。
2變態反應：某些動物傳染病(慢性傳染病)，可對該病病原體或產物的再次進入產生強烈的反應，即變態反應。
變應原(病原體或抽提物)，如結核菌素、鼻疽菌素等。(青黴素試敏)。
4、分子病原學診斷
pcR技術、核酸探針技術、dNA晶片技術等。
診斷結果的判定：
1、在個體水平上判定
1將個體水平的結果與標準或“規範”進行比較；
2與群體結果進行比較，利用診斷的敏感性和特異性計算該結果的陰陽性預測值；
3可以將動物自身急性感染期和恢復期的血清檢測結果進行比較，觀察是否發生顯著變化，轉陽(2~4周抗體滴度發生2~4倍的變化)；
4病原的疫苗株與田間流行株免疫應答的差異進行比較。
2、在群體水平上的判定
有臨床症狀的動物與相同管理條件下無臨床症狀的動物急性比較分析；
對患病群體和無病群體的檢測結果(如特異性抗體應答或滴度水平)進行統計比較，可用來評價病原與疾病的相關性及疾病發生的風險。
(三)樣品的採集和運輸
1、樣品的採集
正確採集和處理樣品是檢測過程的一個重要環節，決定著診斷的準確性和可靠性，常常被低估。
對外來動物疫病的準確反映和控制措施依賴於妥善的樣品採集和儲存；
感染早期：應採集病毒複製或排毒部位，呼吸道、鼻咽、糞便、肛拭子。
上皮病變：應採集液體或刮屑。
菌血症和毒血癥：應採集血液。
活檢或屍檢：選擇恰當的器官或組織。
採集的樣品要具有代表性，做好樣品標識。
最佳診斷樣品不一定非要取自感染動物，某些情況下環境樣品可能更為有效(水、飼料、墊料等圈舍物料)。
樣品的儲存同樣重要，儲存方法因樣品和檢測的目的而異。
1為防止細菌和真菌過度生長，並降低酶解速度，建議將樣品低溫和潮溼條件下儲存，但過度低溫產生的冰晶可能會破壞有機體或組織的結構。
2病毒樣品的採集可以加入抗生素和蛋白質，以滿足病毒分離的需要，儘量保持低溫。
3需要固定的組織樣品，則需要儲存在10%的甲醛溶液中。
2、診斷樣品的運輸
非管制樣品：不含感染因子的診斷樣品，只需標註“無害樣品”
