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臥榻之側，豈容他人酣睡？胡惟庸很快以謀反罪名被凌遲處死，許多大臣株連被殺。案件前後株連多達三萬餘人，史稱&ldo;胡獄&rdo;。

胡惟庸以謀反罪伏誅後，朱元璋查到胡氏欲籍日本為助，越想越是惱怒，曾一度想要發兵徵討日本。元朝曾對日本大舉徵討，因遭遇風雨而全軍覆沒，是當年橫行天下的蒙古遭遇的不多的慘敗，故終元之世，日本不通中國。明王朝建立後，朱元璋譴使趙秩赴日本通好，日本懷良親王遂派遣使者來華，奉表稱臣，兩國間的邦交得以恢復。現在出了胡惟庸之事，兩國立即斷絕了邦交。朱元璋又預備對日本用兵，召曹國公李文忠回京師，欲任命其為主帥。李文忠卻力阻出征日本，又引元朝徵日本失敗的教訓為鑑，朱元璋這才勉強作罷，心中卻始終耿耿於懷，李文忠後來莫名其妙地中毒死去。

除掉胡惟庸後，朱元璋意猶未盡，下定決心趁這個機會將朝政大權盡數收回自己手中。他即刻著手對中央機構進行了改革，廢除了中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，相對提高六部職權和地位，由六部尚書直接對皇帝負責；改大都督府為中、左、右、前、後五軍都督府，事皆由朝廷總之；兵制上實行衛所制[38]，使武將與兵權分離。這一系列的措施都使皇權得到了大大的加強。

明代兵制

如此，朱元璋廢除了有一千多年歷史的丞相制度和有七百多年歷史的中書、門下、尚書三省制度，將軍政大權攬於一身，使得皇權大大加強，達到了秦漢以來的極致。

然朝無重臣，總還是要有人辦事，皇帝再精明能幹，也只有一雙手、一雙眼，不可能總攬親裁所有天下大事，於是朱元璋又創置了&ldo;四輔官&rdo;，由起自庶民的儒士們擔任，以協贊政事，以安生民。

不久皇帝便發現這一套行不通，這些儒生雖然可靠，卻沒有什麼實際處政經驗，於是廢去四輔官，並於洪武十五年（1382年）仿宋代制度，設內閣於殿廷，置益殿、武英殿、文淵閣、東閣大學士，職權是侍左右，備顧問。

此時的內閣，既非官署名，也非職官名，殿閣學士也不入典機務，很少參與政事，但它填補了組織形式上的空白。

內閣大學士為三至六人，原屬於文學侍從之臣。如果殿試時文理出眾，名列前茅，便可以進入翰林院，獲得博覽群書的深造機會。翰林幾經遷轉後，其中的突出人物就可以被任命為大學士，供職於文淵閣，專職為替皇帝撰擬詔告，潤色御批公文的詞句。

這些人原官品秩低，不兼部務，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢尚書、唐代翰林學士性質略同。但由於文淵閣是皇帝的文書機構，最接近皇帝，在不設丞相的情況下，基於處理政事的需要，這個機構的職權必然會越來越大。久而久之，大學士逐漸升遷，並有了正式的辦事場所。大學士本身官秩只有五品，但其所遷任官職往往至尚書、侍郎等，或有加銜至於&ldo;三公&rdo;者，如此，地位便大大提高。

明成祖朱棣登極後，決定起用一批資淺而幹練的文臣入文淵閣辦事，參預機務，因在大內殿閣行事辦公，故稱為&ldo;內閣&rdo;，內閣參預機務從此開始。

只是此時的閣臣品秩遠在六部尚書之下，且不設官署，不轄諸司事務，權勢也不大。到了明仁宗朱高熾時，內閣專任批答文章，糙擬詔令，閣職漸崇，權勢迅疾增大，甚至超過宰相，號為&ldo;輔臣&rdo;。

明宣宗朱瞻基即位後，基本上保留了原來的中央機構，但也作了某些變動，其中最明顯的就是創造了一套&ldo;票擬&rdo;制度，突出了內閣的作用，並使得宦官開始參政。

票擬又稱擬票、票旨、條旨，指內閣對奏章所擬的批答。按照慣例，六部