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使，升授中將；以陳廷訓為江西要塞司令，加中將銜。
6月14日，袁又下令調胡漢民為西藏宣慰使，陳炯明升任廣東都督。
6月30日，又調任柏文蔚為陝甘籌邊使，派安徽民政長孫多森兼代安徽都督。
儘管國民黨的三省都督被袁撤職，但都不準備進行抵抗，北洋軍仍然按照原定計劃分作兩路南下：第一軍段芝貴統率第二師師長王佔元，第六師師長李純兩師擔任湖北、江西之線，第二軍包括馮國璋、張勳、雷振春等部，由馮國璋統率，沿津浦路南下進攻南京。
江西和南京是北洋軍進兵兩個主要目標。湖南和上海也是兩個重要目標。由於北洋軍沒有足夠的兵力分配到各個目標上，因此袁派特務放火焚燬長沙的軍械庫，以削弱湖南軍可能產生的抗袁力量；同時又派海軍中將鄭汝成以總執法官的名義率領應瑞、肇和等艦運兵到吳淞登陸，以圖控制上海。
北洋軍的進逼造成了一種新的局勢，即使國民黨的不抵抗政策進行到底，國民黨以合法政黨的地位繼續存在也將成為不可能，國民黨系軍隊也將被北洋軍吞掉而無容身之餘地。因此，首當其衝的江西軍被迫自衛的情緒頓然沸騰起來，李烈鈞乘機到湖口要塞組織討袁軍。7月12日，袁任命李純為九江鎮守使，北洋軍第六師由九江向沙河、十里鋪前進，與江西軍旅長林虎發生接觸。13日，江西省議會推舉歐陽武為江西都督，李烈鈞為江西討袁軍總司令。
江西的炮聲把上海國民黨總部的和平夢震醒了，法律解決的話完全站不住腳，雙方力量對比的分析也為不入耳之言，妥協空氣為之一掃而空。孫中山又一次地自告奮勇，要到南京說服江蘇都督程德全響應獨立。直到這個時候，國民黨內的多數派仍然說他是一個文治領袖，衝鋒打仗推拿槍桿子的行家黃興去擔任。於是黃興於7月15日趕到南京，當天就被推為江蘇討袁軍總司令。第二天不同情獨立的都督程德全和民政長應德閎，趁著沒有人注意的時候，就偷偷摸摸地溜到上海去了。
國民黨所控制的各省區宣佈獨立的時間是不一致的：7月12日江西宣佈獨立，15日江蘇宣佈獨立，18日安徽、廣東兩省宣佈獨立，20日福建宣佈獨立，22日上海國民黨有關方面組織討袁軍。獨立較遲的是湖南和重慶，湖南於25日才宣佈獨立，重慶更遲到8月4日才由四川軍第三師長熊克武宣佈獨立。
但討袁戰爭，失敗最早的地區也正是發動最早的江西和江蘇兩省。江西在北洋軍水陸夾攻下，沒有取得各方面的支援，7月25日湖口就守不住，到8月18日放棄南昌，江西討袁軍就瓦解了。江蘇的情況更為複雜，首先就有反對獨立最堅決的江寧要塞司令吳紹璘被殺於娃娃橋住宅。主張獨立最堅決的是第一師師長章梓和第八師長陳之驥，黃興就住在第八師司令部，而陳之驥卻正是進攻南京的北洋軍主將馮國璋的女婿。
黃興剛到南京來，江蘇、都督程德全就逃到上海去了，這不但沒有人和他分工負責，而且對士氣起破壞影響，這時軍隊不聽排程和軍餉無法支援的種種困難。由於江北岸戰線拉得太長，7月22日討袁軍放棄徐州，原擬在臨淮關構築防禦工事，已派柏文蔚為臨淮關防司令，並調第八師的劉建藩一團前往增防，但由於撤防缺餉以及江西戰事失利的訊息傳來，士氣日益不振，討袁軍一直撤到浦口還站不住腳。到7月29日，黃興以一走了事，他的英名就葬送在漢陽與南京的兩次戰役中。
上海討袁軍久攻製造局不下，到8月13日，守吳松的鈕永建孤軍也瓦解了。
安徽的形勢更糟。江西、江蘇兩省宣佈獨立時，安徽都督柏文蔚在南京另有任務，沒有回到安慶。辛亥革命時曾經一度被推為皖軍總指揮而臨陣逃脫的胡萬泰，認為又有可乘之機，乃自稱為安徽都督，宣佈獨立
