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但《哥吉拉》的意義並不僅於此。就像長得像蘑菇的哥吉拉外觀設計被否定一般，僅僅將哥吉拉定位為「氫彈」和「被爆者」還是不夠的。哥吉拉還有作為「神」的定位。不過這和美國書寫的「godzilla」中的上帝涵義不一樣，這裡的涵義是徹頭徹尾的日本神明。
日本社會之所以會祀奉新的神，通常是因為一個人含恨而終或是死於非命。這類神和戰功彪炳而神格化的英雄有著維妙差異。例如菅原道真、源義經、平將門這些因政治因素而死於非命(或含恨而終)的歷史人物，因日本民俗中的孤魂信仰，而有了祭祀他們的神社。然而這種觀念並不是單純的同情弱者的所謂「判官山贔屓」(注23)而已。因為那些人無法達成訴願而死，自責的心意會化為怨念並且留在這個世間作祟，為了安撫這些已死之人的怨念，因此後世的人們才會祭拜他們。所以，在《哥吉拉》片中，哥吉拉和芹澤博士也符合含恨而終。芹澤博士身邊諸如山根博士等活下來的人，對於滿足這個社會的期待而死去的芹澤博士產生「自責感」，甚至對隨處造成災害的哥吉拉也是如此。
當哥吉拉從海中探出頭髮出最後的咆哮時，觀眾就已經將看待芹澤博士的觀點投射在哥吉拉上。因為哥吉拉一直躲在海底洞窟中，就好像芹澤博士在戰後長時間隱居在地下室進行實驗般。此外，哥吉拉因受到氫彈的傷害而產生突變，很像芹澤博士因為戰爭受到的傷而開始出現孤僻的性格一樣。從兩者之間的共通點來看，會將哥吉拉的吼叫視為芹澤博士的吼叫一點都不意外。單就孤獨的部分來看，兩者是十分接近的角色。如果引用《古事記》的用語，他們簡直就有如「獨神」(注24)。
雖然電臺的播報員目睹哥吉拉死亡而興奮地播報導：「現場洋溢著既欣喜又感動的氣氛，我們終於獲勝了。在這裡我們親眼見證哥吉拉的屍體沉入海底的深處，嶄新世紀的化學家芹澤博士獲得了勝利」。不過，山根博士對於芹澤博士切斷空氣管線以求自盡的選擇，只能抑鬱地脫下帽子並喃喃自語地說：「芹澤……」山根博士這個表現其實是用嚴肅的心情，對芹澤博士脫帽致敬。後來，船上所有人為了告慰芹澤博士的在天之靈，於是將得勝的心情放在一邊，然後對著大海一起行脫帽禮。
讓川本三郎等採用戰爭角度評論《哥吉拉》的研究者感觸特別強烈的地方，絕對讓戰火餘生的觀眾對死者產生出的「自責感」。對於芹澤博士的死，山根博士就是最有自責感的人。芹澤博士一直苦惱於「氧氣破壞劑」沒辦法用於殺生以外的方式上，就和原子彈之父歐本海默常常煩惱核武無法活用在和平用途一樣。正因為山根博士希望活用哥吉拉的破壞能源與生命力，因此山根博士更能理解芹澤博士心中的遺憾。而當芹澤博士和哥吉拉這活化石同歸於盡後，山根博士心中的失落感也變得更加深刻。
如果將《哥吉拉》片中的哥吉拉當作神來看待，那也不是因為在大戶島上被當成土地神而以神樂祭祀的關係，而是因為它在電影裡被那樣打倒，而成為了一種日本神明。當然，哥吉拉並不是打從一出生就是神只。哥吉拉原本是生存在兩百萬年前侏羅紀的平凡恐龍，「貫徹它們獨有的生存方式，一直長存至今」，卻讓我們目擊了他經歷放射能洗禮與死亡成神的過程。
此外，巡防艇式根上進行實況廣播的播報員是對著畫面看不見的全國國民在講話。並不是當時觀眾極少的新媒體電視，而是廣播。從戰爭期間，日本人就為了知道戰果及聽取警報，而固定收聽著廣播。如同敗戰時日本國民從廣播收聽天皇的「玉音放送」(注25)一樣，全國民眾也一同見證了哥吉拉敗北的那一刻。透過廣播，這個本來是在東京發生的地方性事件，立刻變成全國民眾所關心的新聞。借著共同聽取哥吉拉化為神明的實況廣播，聽
