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盛世才在消滅張培元、馬仲英等敵對勢力之後，便著手恢復經濟、改革行政，以鞏固其獨裁統治。他先從恢復農牧業抓起，使農牧業得到恢復和發展。他又著手整理財政，首先穩定公教人員的生活和情緒，其次是裁汰冗員，再次是財政改革，成立財政委員會，建立統一預決算制度。此外，盛世才還下令禁鴉片、賭博、貪汙等不良風氣，吸收少數民族頭領參加政府工作，各地小學一律官費，政府還資送各民族青年到蘇聯等國留學，學習先進科學技術。盛世才的這些做法，迷惑了不少人，以為盛政府是個開明進步的政府。
然而，盛世才是個陰鷙且多疑的人，他靠&ldo;四&iddot;一二政變&rdo;之機被推舉上臺，之後，又逐一消滅異己，鞏固了地位。由於他對別人常持懷疑態度，總覺得別人背地做出不利於自己事，因此，他時時在提防和懲處他認為的危險分子，製造了一個又一個所謂&ldo;陰謀暴動案&rdo;，殺戮了數萬人的性命。
1936年，新疆省銀行行長宮振翰及盛世才的老友趙鐵鳴，因平時對盛世才的獨裁統治多有議論，盛世才便在非議省政罪名，將宮逮捕，將趙軟禁。
1937年秋，盛世才感到省政府副主席和加尼牙孜及省府委員蒙古汗王滿楚克扎布等人有礙他的政權及所定政策的執行，便製造了一起&ldo;陰謀暴動案&rdo;，將和加尼牙孜、滿楚克扎布等幾百人逮捕，將他們的財產全部沒收。
1939年至1940年，盛世才經過精心策劃，又製造了一起稱之為&ldo;汪精衛系統的陰謀暴動案&rdo;，將愛國民主人士，新疆學院院長杜重遠逮捕，由此牽連達數千人。杜重遠於1943年10月被盛世才派人毒死在獄中。被捕的一大批人，有的被毒打致死，有的被毒死、絞死，有的被槍殺，有的遭長期監禁，成為新疆歷史上最大的冤案、慘案之一。
1942年3月，盛世才又炮製了一起所謂&ldo;空前的帶國際性的錯綜複雜案&rdo;。盛世才四弟盛世騏，時為新疆機械化旅旅長，曾留學蘇聯，有才能且人緣關係較好，與盛世才有些政見不同。盛世才深恐其弟對自己構成威脅，於1942年3月19日派人將他暗殺，然後嫁禍於人，將財政廳長臧登峰、教育廳長李一歐、民政廳長周彬、和田警備司令潘柏南、行政長盧毓麟、喀什行政長陳方伯、新疆日報社社長王寶乾、焉耆行政長於德一、塔城行政長趙劍峰、哈密行政長劉西屏、編譯委員會長孟一鳴、財政監察委員會委員長王齊勛、軍官學校參謀長郭德祺、機械化旅參謀長彭煥書、團長趙景棠等逮捕，並於4、5月間全部殺害。接著，盛世才又利用盛世騏被暗殺案，栽贓為共產黨所為，開始了反蘇活動，並於9月17日將中共中央駐烏魯木齊的八路軍辦事處負責人陳潭秋、毛澤民、林基路等逮捕，後於1943年9月殺害。其餘被的捕的一百多名共產黨人，及家屬一直到盛世才離開新疆後才獲得釋放。
盛世才在新疆大力開展反共反蘇活動，公開表示歸順蔣介石，深得蔣介石的賞識。1942年，他被蔣介石任命為第八戰區副司令長官。1943年7月，他又被任命為國民黨新疆省黨部主任委員等。8月31日，宋美齡代表蔣介石飛抵新疆，對盛世才的歸順表示撫慰。為此，盛世才組織了新疆歷史上空前的歡迎集會。不久，朱紹良奉蔣介石之命到新疆，與盛世才正式達成協議，成立國民黨新疆省黨部，國民黨勢力進入新疆。
盛世才一向以&ldo;新疆王&rdo;自居，唯我獨尊，他把新疆政府和共產黨、國民黨合稱為中國三大政治集團，又以國共兩黨以外的第三領袖自居，而且還把自己與史達林、羅斯福、邱吉爾、蔣介石、毛澤東一起並稱為世界反法西斯陣線六大領袖。他同意成立國民黨新疆省黨部
