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段祺瑞遇上袁世凱，如魚得水，盡力為之效力。袁世凱也對他倍加重用，先後任命他為常備軍第三鎮翼長、第四鎮統制、第三鎮統制、北洋武備學堂監督、保定軍官學校總辦、第六鎮統制等。此外，袁世凱還把義女張佩蘅嫁給段祺瑞作續配夫人，這樣，袁、段的關係又更深入了一層。
1911年10月，武昌起義爆發，清政府被迫起用被開缺回籍的袁世凱。段祺瑞被任命為湖廣總督，統領湖北前線各軍，協助袁世凱向革命黨人不斷施加壓力，並脅迫清帝退位，使袁世凱當上了中華民國臨時大總統，段祺瑞也被任命為陸軍總長。1913年7月，段祺瑞還曾擔任代理國務總理。
袁世凱當上民國總統以後，精力分散，無暇專管軍事。&ldo;北洋三傑&rdo;中的王士珍退隱正定，安於山林生活；馮國璋在鎮壓&ldo;二次革命&rdo;後外調南京，任江蘇都督，在中央長期任陸軍總長兼總統府軍事處長的則是段祺瑞。隨著職務的提高和權力的增長，段祺瑞已不甘對袁世凱俯首聽命，更不願當一個有名無實的陸軍總長，因此，對一些大事，他往往擅自決定，並在軍中培養自己的勢力，他的親信學生和部屬，如除樹錚、靳雲鵬、傅良佐、吳光新、曲同豐等，都擔任了要職，在陸軍中隱然自成派系。其中徐樹錚（江蘇蕭縣人，1880年生），是他的得意學生，長期在他手下任職，1914年遷陸軍部次長，成為他的重要助手和智囊，被稱為段祺瑞的&ldo;靈魂&rdo;。
對段祺瑞執掌軍權，實力膨脹，袁世凱深有疑慮，但當時他正準備恢復帝制，不得不依仗段祺瑞。袁世凱長子袁克定熱衷於實行帝制，希望能當上皇太子及皇位的繼承人，他託阮忠樞去遊說段祺瑞，想讓段祺瑞率北洋將領來一次聯名通電，擁袁稱帝，不料被段祺瑞一口回絕。袁世凱得知此事，當然對段祺瑞更加忌恨，決定逐步奪回他的兵權。1914年5月，袁世凱聽從袁克定的獻計，成立了陸海軍大元帥統率辦事處，硬把正隱居正定的王士珍請出擔任辦事處坐辦。陸軍總長、海軍總長、參謀總長及大元帥所派高階軍官，均為該處辦事員，須每日到府辦公。如此一來，陸軍部名存實亡，總長段祺瑞退為辦事員，袁世凱把全國兵權又總攬手中。1914年10月，袁世凱又建立陸軍混成模範團，作為自己的親軍，以進一步加強軍事集權，逐步把段祺瑞的勢力排擠出去。模範團團長開始由袁世凱自兼，為了提高袁克定在軍中的威望（袁克定因騎馬墜地而成了跛子），到第二期便把團長職務讓給了袁克定。1915年，袁世凱加快復闢帝制，更極力排斥段祺瑞，經常說他氣色不好，想是有病，應當休息。段祺瑞無奈，只好以&ldo;養病&rdo;為名避居西山，不久又提出辭呈。袁世凱假意挽留，到了5月，下令派王士珍署理陸軍總長；6月，藉故免去徐樹錚陸軍次長的職務；8月29日，袁世凱正式批准解除段祺瑞陸軍總長的職務，由王士珍繼任。
段祺瑞被解職後，袁世凱復闢帝制，終於當上洪憲皇帝，但是遭到全國人民的憤怒聲討。雲南護國軍興，各省紛紛獨立，袁世凱很快陷入眾叛親離，岌岌可危的困境。袁世凱打算請出段祺瑞，替他應付局面。他先任命徐樹錚為將軍府事務廳廳長，藉以討好段祺瑞，然後再請段出山。但是，段祺瑞卻以&ldo;宿疾未痊&rdo;，拒不受命的做法。袁世凱不得已，最後放棄帝位，再親筆寫信請出段祺瑞，委以參謀總長，後又委以國務卿，希望他幫助自己維持總統的職位。但是袁世凱緊握軍權及用人權不放，段祺瑞不過是個有名無實的政治傀儡，他當然不肯為袁世凱效死力。
1916年5月下旬及6月初，袁世凱因憂憤病生。6月5日，袁世凱自知死期將至，傳命徐世昌、段祺瑞、王士珍及表弟張鎮芳、長子袁克定等到病榻旁
