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“飛天拉麵神教”也是“理論”。對於複雜性的超自然解釋有數個互不相容的版本。確實如智慧設計假說帶頭人Michael Behe所說，“不能用實驗來證明智慧設計論。”
雖然進化論並不試圖解釋生命是如何從非生物體產生的（即“非生物起源”），智慧設計假說帶頭人並不可因此推論說，這一過程背後有智慧的設計者起了作用，因為沒有證據顯示超自然事件的發生。關於智慧設計者（無論是一個神或者外太空生物力量）在地球上創造生命的推論，與外星人幫助古埃及人建立金字塔的先驗論相仿。這兩個理論中，外界智慧的影響均不可重複、觀察或證偽，從而破壞了對觀察物件的最簡解釋原則。從嚴格的經驗主義立場來看，只能列舉對埃及建築的已知考證，承認對埃及人到底如何建築金字塔仍屬未知。
對智慧設計假說的批評不僅僅侷限於科學界，一些宗教組織和個人從神學或道德立場發出反對意見。許多宗教界人士不贊同教授非科學或有疑問的理論，轉而支援與科學理論不衝突的有神論進化論。例如，紅衣主教Christoph Cardinal Sch&；ouml；nborn的看法是，“自然界具有目的性和設計”，然而對於“科學理論範圍內的進化論”不難理解。目前，天主教已於達爾文誕生200週年紀念與達爾文和解。
多數重要的智慧設計假說支持者是基督新教的教徒，並且宣告生命的設計者就是上帝。智慧設計假說的主要支持者對這個假說本身的說明都彼此衝突。面對一般大眾，他們說智慧設計假說不是宗教，同時又聲稱其基礎來自聖經。當面向保守的基督徒支持者時，為了取得支援，研究院的人又將自己定位為福音派傾向的基督徒。
智慧設計假說的立論小心地使用世俗的詞彙，並刻意避免指出設計者的身份。菲力普&；#8226；約翰遜宣告，在論點中精心避免高調的神學術語、用世俗的語言播下模糊的伏筆是必須的首要步驟，以最終重新引入基督教概念的上帝作為設計者。約翰遜強調“第一件要做的事就是把《聖經》從討論中排除”，“我們把唯物主義的偏見從科學事實中分離後，才是可以討論《聖經》問題的時機。”
科學界大多數成員認為智慧設計假說不是站得住腳的科學假說，只是一種偽科學。美國國家科學院認為智慧設計假說和其他“超自然力量對生命起源的干預學說”不是科學，因為它們無法用實驗檢驗，並且自身無法產生預測和新的推論。
在奇茲米勒對多佛學區案中，美國聯邦法院判決，根據美國憲法第一修正案，“在公立學校的科學課程裡，把智慧設計論作為像進化論一樣可選擇的理論”這一訴求違憲。法官John E。 Jones III指智慧設計假說不是科學，實質上是宗教。
大統一理論
大統一理論——（無中生有，有中生無，同時發生）（個人的觀點）
科學（物理學、生物學）、哲學（唯物主義、唯心主義）、宗教（佛教、道教、基督教、*教）等在宇宙起源上的大統一
大統一理論是建立在上述理論基層上的假設。
物理學領域如果反物質和存在，並在數量、質量和能量上和物質等同，那麼宇宙的物質總量和能量總和就是0，在生物學領域如果智慧設計論成立，那麼那個設計者無論是物質的還是非物質的，根據物理學的假設，宇宙的物質總量和能量總和還是為0。 那麼科學的宇宙起源論就是 無中生有，有中生無，同時發生。
如果無中生有，有中生無是同時發生的，那麼在哲學方面即可以說我們的是物質的，也可以說是非物質的，
基督也好，佛祖也好，道教的老子也好，穆罕默德也好他們都是上帝的使者在各個民族中用各民族能夠
