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號，是用巴比倫的智慧之神的名字命名的。在聖經中尼布甲尼撒是巴比倫的國王，曾近找人解夢，在駭客帝國中墨菲斯等人就是坐著尼布甲尼撒號去找尋先知闡釋什麼是現實。
不一會兩人便來到了尼布甲尼撒號的主控室。
“這裡是核心地帶，我們就是透過這裡黑進母體！”墨菲斯解釋道。
和電影中一樣，這裡完全沒有船應該有的樣子。與其說是船不如說是間工廠，只不過在中間有著一臺結構複雜的“電腦”。主控室一個黑人小夥坐在電腦前，身旁是站著兩個白人一男一女。
墨菲斯向程毅介紹道：“這位是林克，我們的接線員！至於他們倆是尼奧和崔尼蒂！”
“他就是尼奧，救世主！和電影中一樣帥啊！至於崔尼蒂，額！好吧！可能是東西方的審美觀不同吧，真沒看出來他那裡吸引人！”程毅心裡對兩人評價道。
程毅對眾人點了點頭，說道：“你們好，我叫程毅！”
“林克！錫安出生的人類，和你有些區別！很高興見到你！”林克笑著說道。
尼奧也主動的走上前問道：“你好，我是尼奧！和你一樣都是母體中的人類！”而崔尼蒂只是冷冷的對程毅點了點頭。
這時墨菲斯走了過來，對程毅說道：“毅！我現在必須告訴你我們的處境！錫安危在旦夕，所有的一切都超出了我們的判斷，包括你的出現！”
“恩！？不好意思，我聽的有點蒙，你能在詳細的解釋一下嗎？”程毅問道。因為在程毅的印象中在第三部尼布甲尼撒號應該已經被摧毀了，而且尼奧也被困在了一個車站之中。但是現在尼奧還站在記得面前，尼布甲尼撒號也沒有被摧毀！
林克在一旁解釋道：“總是你和我們現在的處境都非常危險就對了，原本接回尼奧和崔尼蒂後我們準備返航，但是這時你就出現了！”
“你是第一個能獨自脫離母體的人類，我能感到你的特殊，我想你應該對我們有所幫助，所以就臨時改變主意把你接到了船上！”墨菲斯說道。
聽到這程毅算是知道怎麼一回事了，現在這段場景應該出現在駭客帝國2的片尾，也就是說是在尼奧見過設計師救了崔尼蒂後自己才出現的。
“好吧！我承認我還是聽不懂你們在說什麼，不過如果我能夠幫到你們什麼我一定會盡全力的，那怕死也不怕，畢竟無論在母體還是現實我都沒有任何親人了！”程毅說道。
“很好！”墨菲斯微笑的點了點頭，然後說道：“現實中還是有人類的，我們都是你的族人，如果我們還能活著就一定會帶你去錫安！我們人類最後的家園！”
程毅笑了笑，說道：“我想一定會的！”
就在這時，崔尼蒂突然說道：“墨菲斯，下一步我們該怎辦？”
林克在一旁說道：“按照墨菲斯說的，現在戰爭應該結束了！但是……”
“但是顯然不是這麼一回事？”尼奧接著說道。
墨菲斯走動著，說道：“我不明白！一切都應該有定規！救世主一旦到達程式碼之源，戰爭就應該結束！”
尼奧顯得很沉重，開口說道：“24小時之內就會結束！”
“什麼？”眾人詫異的看著尼奧。
尼奧接著說道：“如果24小時內我們不採取措施，錫安就會遭到毀滅！”
“什麼？”林克立刻站了起來，詫異的看著尼奧。
崔尼蒂也問道：“你怎麼知道？”
墨菲斯看著尼奧，堅決的說道：“不可能，預言……”
“可那不是真的，墨菲斯！”尼奧立刻反駁道：“預言是謊言，救世主不能終結任何事！”
尼奧這話一出口眾人都呆了，而一向沉穩的墨菲斯也顯得有些無助。程
