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惡的地獄——地球，在此她遇到了撒旦，並與撒旦結為夫妻，孕育出的是名為“Lilin（人類）”的新物種。於是，莉莉斯成為了所有人類的母親。
伊甸園中，莉莉斯的離開讓亞當感覺到寂寞與不安，於是上帝在其熟睡之時取下了他的肋骨，以此創造了另一名女性，名為夏娃。
……
亞當與夏娃偷吃了禁果被趕出了伊甸園，來到了上帝為他們建造的神的淨土——白之月。
……
亞當與夏娃居住於白之月，經過了漫長的歲月誕生了無數的後代，然而生活於白之月的人類愈來愈墮落讓上帝很是不滿，降下了“第一次衝擊”，他用洪水清洗白之月，並命令諾亞建造了方舟。
……
無數的生靈在洪水中被毀滅，唯有諾亞與其族人依靠方舟漂流在洪水之上躲過了浩劫，洪水將他們帶離了白之月，來到了地球。於是，亞當、夏娃的後裔和莉莉斯的後裔——Lilin（人類）相遇了，他們被人類所同化，最後所有的Lilin都自稱為亞當的後裔。
……
亞當與夏娃以及他們的後裔的離開讓“白之月”一片荒涼，又過了悠久的歲月，孤寂讓做出“流放人類”這一決定的上帝后悔了，於是他做出了新的預言——
【我要將我的子民帶回我的國；在那應允之日；我要你們迴歸到最初的的生命；以最初的形態回到我的坐前】
到約定的那日，所有的人類將無分彼此，迴歸最初的形態，再無心的隔閡，靈魂融為一體，其名為——人類補完
……
《死海文書》或許僅僅是異族中流傳的神話，在很長的一段時間裡，在科學日益發達的這個社會它的意義僅僅是作為考古學對於死海附近古文明的參考文獻，然而，50年後一個南極科考團的偶然發現讓全世界為之沸騰了。
2000年冬，南極洲
這是一片寒冷的讓生命無法存活的冰雪領域，然而人類卻依靠引以為傲的科技來到了這裡。
站在考察的破冰船上，雖然穿著厚厚保暖棉衣，然而極低的冰寒還是讓科考員們難以忍受，但是此時他們心中卻一片火熱，對於人類而言這是跨世紀的發現。一個偶然的機會，在絕不該存在生命的冰層之下卻被探測出了生命反應，數次的勘察確認後，在X光的透視鏡下對映出的是一枚卵狀物質。
卵，是生命存在的最初始狀態。
這一發現引起了世界的廣泛關注，聯合國派遣“人工進化智慧研究所”的碇元渡、冬月帶領科考隊奔赴南極洲，然而這卻成了噩夢的開端。當時作為研究所所長的碇元渡在卵周圍發現有類似原始湯類的粘稠液體。
這一發現足以轟動世界，但是更讓人為之驚詫的，是這一切在兩千年前就被記錄在了《死海文書》之中——
【在世界最南端是死亡的極寒，那裡埋藏著莉莉斯之卵】
那粘稠的原始湯更是印證了神秘的卵狀物其人類始祖莉莉斯的身份。
隨後理所當然地展開的是挖掘的工作。
然而誰也沒有預料到，人類親手挖掘出的是怎樣的惡魔，不，那並不是惡魔，而是天使，毀滅了人類的天使——使徒
“莉莉斯之卵”中沉睡的並不止是莉莉斯，還有和她融為一體的亞當。當人類將插在其胸口的一柄長槍（朗基努斯之槍）拔起，亞當（第一使徒，身形在背後有著巨大光之翼）與莉莉斯（第二使徒，白色擁有七隻眼的巨人）相繼覺醒。
那是人類無法理解的力量，雖然依靠科技，人類將當時尚沒有完全覺醒的兩個使徒重創並再次封印：第一使徒亞當迴歸“莉莉斯之卵”，第二使徒莉莉斯被重創至殘體，被碇元渡秘密運回，以朗基努斯之槍封印，釘在NERV本
