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，不但給起義軍提供大量的資金，甚至還利用自己的勢力將政府軍的動向告知。於是，起義軍的勢力逐漸壯大，當政府軍意識到情況不對的時候，一切已經無法控制了。除了生化人本身，有一小部分人類也加入到了起義軍中，為生化人的平等自由而戰。
然而，最陰險的不過是政客。眼看著局勢一發不可收拾，聯盟內的真正掌權者們下達了將所有正常的生化人回收並投入戰場的命令。在他們看來，如果起義軍不捨得對自己的同類下手，那麼這場暴動很快就會被這些依然受三大定律制約的生化人所鎮壓；若起義軍絲毫不在意對同類揮刀相向，與他們來說也沒什麼損失。
因為每一個生化人的出售都會記錄在案，所以此命令一下，韋恩博士立刻意識到不妙。政府下派的工作人員很快到了他的實驗室，要他交出愛麗爾。雖然韋恩博士已經說明愛麗爾正進行一項封閉實驗，不方便出來，但這一場戰鬥的嚴苛性，令原本會給韋恩博士幾分薄面的工作人員也強硬地回答不行。
愛麗爾早已經去了古代，離回來的日子還早得很，就算韋恩博士想交人也交不出來啊。這一來一去間，來帶人的工作人員終於意識到一絲不對，立刻向上級匯報。聯盟裡已經有很多人類偏向於生化人，暗地裡幫助生化人，說不定韋恩博士也是其中之一。抱著這樣的猜想，政府很快派人強行闖入韋恩博士的實驗室，卻只收穫了一具被砸毀的破銅爛鐵。
早察覺到不妙的韋恩博士早就已經透過時光機僅剩下的通話功能，瞭解到了愛麗爾的失憶狀況，完成了她的願望，讓她在那個古老的時代自由生存。或許這樣說有些古怪，但韋恩博士早已經將愛麗爾當成了自己的女兒一樣，在他看來，與其回到這個時代被送上戰場，不如在一個陌生的時代自由飛翔。這也算是愛麗爾為他服務了這麼多年的一種回報吧。
找不到愛麗爾的政府認為韋恩博士也是生化人的幫兇之一，已經將愛麗爾送至了叛軍處。他們將韋恩博士關了起來，連同一大批協助叛軍的人類。
這一場戰爭十分浩大，歷時三年。雙方各有優勢，你來我往，打得難分難捨。不管是人類一方，還是生化人一方，所有人都疲憊不堪。最後，雙方達成了停戰協議，人類和生化人劃地分居，和平共處。
因為戰爭而被擱置的審判在簽訂和平協議後也不再進行，因此韋恩博士和其他人在被關了整整三年後，終於得以重見天日。出獄後，韋恩博士依然醉心於他的考古，也找了人類助手。只不過，換了好幾個助手，卻始終沒有找到愛麗爾那樣能幹的。普通人類，又怎麼能跟強化過的生化人相提並論呢？
每當實驗的間隙，韋恩博士不經意間的一抬頭，似乎都能看到曾經那個安靜的身影。這個時候，他總是先悵然地呆上片刻，隨即很快就回到他的工作中去。
他知道，他的愛麗爾，一定在古代過得很幸福。雖然定律失效，但他知道，愛麗爾一定會完成這個他最後下的命令的。
【愛麗爾，你要在那個時代過得幸福。】
056 選擇≈幸福
056 選擇≈幸福 &ldo;我選擇……恢復記憶。&rdo;
我笑道。
或許對伊茲密來說，怎樣的我都無所謂，但我想知道從前跟他的點點滴滴，我不希望那些個回憶只存在於他的腦海中，而我一無所知，即使那些記憶並不都是愉快的。
&ldo;恢復記憶麼……好，我能為你做的，也就只有這個了。&rdo;那人似乎對於我的選擇沒有任何的異議，依然淡淡地說，&ldo;最後……愛麗爾，你要在那個時代過得幸福。&rdo;
我張了張嘴，
