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後方，又是面對前秦威脅的最前沿，於公於私桓衝都沒辦法坐視不理，謝安也順勢而為，朝廷為此將長江中游全權委任給桓衝，遷其為荊州刺史，持節鎮守江陵，並以其長子桓嗣為江州刺史。陛見後，年少的司馬曜在西堂為桓衝踐行，謝安為了表示盡棄前嫌，也親自送行至溧洲。
桓衝到任時，荊州也因為旱澇正值饑荒，於是以前秦勢盛，上表請求移鎮，從江北的江陵，移至江南的上明築城，並請求朝廷每年支應軍糧三十萬斛。這可以說是回到荊州就翻臉了，但隨即前秦以苻丕、苟萇、慕容暐等人為將，督兵十萬餘大舉入駐南鄉，迫於形勢，建康方面只得應允桓衝的要求，但只作為臨時條令，一旦年景好轉，就停止供應。
謝安隨即在朝中重提京口的重要性，給王蘊假節，全權負責建康沿江防務，但很快就因為前秦攻打襄陽，同時以兗州刺史彭超進攻淮南，與荊州互相呼應，導致局面惡化。
東晉為此，先後加謝安為驃騎將軍、司徒，都被他辭去，反而上表為衰亡的勳戚後代請封，在朝中得到群臣讚賞，認為他執政寬仁，可與王導在世時相比。
同時，因京口無良將鎮守，朝中為此議論紛紛，而謝安則在升任中書監後，於此時再度進位侍中，並拜假節，都督揚、豫、徐、兗、青五州諸軍事。謝安獲得兵權後，隨即就舉薦侄子謝玄為兗州刺史，出鎮廣陵，負責江北防線，他本人則坐鎮中樞，總管後方，進行統籌調派。
謝安以謝玄為將時，朝中不少大臣都予以質疑，認為他此舉是謀求私利，以自家人掌握外鎮兵權，從而穩固自身地位。與謝安一向不和的郗超，卻在此時站出來辯解，以他曾與謝玄在桓溫麾下共事，知道謝玄的才能，極力為其作保。
因為堂妹無故被休，郗超對悶不做聲的琅琊王氏極為不滿，桓溫當初廢立皇帝，他就是謀主，對皇室也沒有太多敬意，桓溫死後不久，他以母喪歸家守孝，雖在京口卻未追隨桓衝。
為謝玄聲援後不久，郗超也結束守孝，隨即獲得朝廷起復，召為散騎常侍，授臨海太守，四十出頭正值壯年的他以病辭讓，於同年年底病逝。
郗超為人極重親情，為母守孝期間，因飲食過簡，導致長期風寒不愈，而他又擔憂自己死後，父親郗愔悲傷過度。於是在臨終前，郗超將當初為桓溫謀取京口兵權時，仿效父親郗愔筆跡代作的信札交由門客，囑其在老父悲痛難抑時呈上，其後果然被他料中，因喪子哀悼成疾的郗愔看到信札後大怒，從而病癒。
另外，郗道茂的親弟弟郗恢，其妻謝道粲是謝道韞之妹，與謝玄同為謝奕子女，而謝道韞的丈夫王凝之，則是王獻之的兄長。
當謝玄到任廣陵後，有謝氏之前修築宮室時建立的信譽，再加上於流民帥中素有威望的郗氏支援，立即開始招募勇士、選拔士卒，組建北府兵。
而同年末，年邁的王彪之也於初冬病逝，謝安在東晉朝中暫時沒有了說話夠分量的掣肘，成為實際上的唯一宰輔。
