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當莫朗德正在達武左翼作戰時，福利安在他的右面，攻佔了斯普爾堡和波佩爾，後者曾經失而復得，然後到了利斯多夫。所以到正午時，古丁仍然扼守著哈森哈森，而莫朗德在南，福利安在北，由他們的炮兵實行縱射來威脅施密特、奧南格和瓦爾特斯內本的撤退。當這些師後退時，古丁也隨之前進，攻克陶格維茲，向吉恩斯塔特挺進。在普軍方面，卡爾克勞斯已經在那裡集中了兩個預備師的主力。有了這個兵力，再加上全部的騎兵，布呂歇爾和卡爾克勞斯立勸普魯士王再回戈一擊。可是威廉&iddot;腓特烈卻以為霍恩洛赫和魯歇爾兩個軍團依然完整無恙，所以決定退向他們那邊，準備會合之後再在第二天向法軍挑戰。
普魯士軍於下午十二點三十分開始撤退，法軍的追擊以艾卡特斯堡為限度，因為達武的部隊已經力竭，而且他的騎兵也不足以逐退普魯士軍。在卡爾克勞斯的掩護之下，普魯士軍保持著相當良好的秩序，一直退到馬特斯提德為止。從那裡可以看見阿普爾達周圍地區的營火。他們還認為那是霍恩洛赫的部隊，可是不久就碰到了驚弓之鳥似的潰兵，才知道霍恩洛赫已經被擊潰了，那些營火是法軍的。這也就是說魏瑪道路已經被切斷，普魯士王立即命令他的軍隊向北旋轉，改從索米達道路行走。在布特爾斯提德，這些精神已經瘓散的人員遇到大批潰兵，如潮水一般從耶拿方面撤退而來。於是情形更加混亂。因為他們相信法軍正在跟蹤追擊，所以各個單位都已經潰不成軍。法軍一共俘獲了25,000人，火炮200門，軍旗60面。
除第三軍，法軍其他各部的死傷數字都已不可考。這個軍損失了軍官258人，兵員6,794人，約相當於這個軍全部兵力的四分之一，由此可以證明這個戰役是何等激烈。古丁師的損失約為百分之四十一，在會戰中，勝利部隊的損失高到如此的程度，可以說是破了有史以來的記錄。
10月15日，拿破崙在他的第一次公報中曾經這樣說：&ldo;耶拿會戰掃除了羅斯巴赫的恥辱。在我們的右翼，達武元帥的部隊表現最為優異。不僅阻止了敵軍前進，而且擊敗了敵軍主力。這位元帥表現出來的過人英勇和堅定性格，都是戰士的第一流楷模。&rdo;
10月15日上午，法軍開始進行歷史上最著名的追擊：繆拉、蘇爾特、內伊和貝爾納多特，分別痛剿敵軍殘部，並消滅其抵抗力；而拿破崙則率領達武、奧熱羅、蘭納斯和近衛軍，沿大路向柏林進發。此外，路易和莫提爾也奉命向希斯進攻。
10月27日，拿破崙以勝利者的姿態進入柏林，雖然和約的條件已經討論並決定了，普魯士王還是接到聖彼德堡送來的一個通告，說如果他仍與俄國保持同盟關係，那麼沙皇就將親率十四萬人來援助他，所以他就拒絕批准和約。這時，普國境內的要塞，都連續向法軍投降，其中包括著埃爾弗特、普林茲勞、斯潘多、斯特丁、昆士庭、馬德堡和哈米侖等地。11月7日，布呂歇爾也在盧貝克投降了。所以在二十四天之內，普魯士和薩克森的全部軍事力量都已經毀滅殆盡：戰死和負傷者共25,000人，被俘者為100,000人，其餘的兵力也都完全瓦解。法軍所獲得的戰利品更是多得無法計算，單單在柏林就有火炮4,000門，馬20,000匹和槍100,000枝。
從戰略和戰術兩方面來看，很少有哪次勝利具有的決定效能夠與耶拿-奧爾施塔特雙重會戰相比擬。不過在政治方面，拿破崙卻並未能達到他的目的。普魯士的失敗並未使英格蘭退出戰爭，而也正是因為這一點，才使這兩個會戰在歷史上具有廣泛的影響。它們沒有帶來和平，反之在它們之後，歐洲還是連年苦戰，終至民窮財盡，結果當拿破崙最後被推翻時，英國的世界霸權也從此奠定了基礎。從此英國變成了全世界的工廠和銀行
