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藉助先前錄下來的神秘精靈的叫聲，正輝他們成功的吸引來了那隻獨一無二的寶可夢。
在迷霧之中，一隻至少有幾十米高的巨獸慢慢的朝著燈塔處靠，就在神秘精靈即將露出廬山真面目之際。
火箭隊又來搗蛋了，他們高舉著不知從哪裡淘來的火箭隊對巨獸發起了襲擊。
火箭彈倒是沒有對巨獸造成傷害，不過卻把巨獸驚醒了，它意識到這裡沒有它想要尋找的夥伴。
把火箭隊砸飛後，巨獸不再停留，緩緩消失在了黑夜中。
【正輝：啊！！！只差一點點，只差一點點就能見到那隻幻影般的神奇寶貝了！】
正輝在聊天室內發出了痛苦的哀嚎聲。
一回憶起這個場景，他的心就疼的跟刀割一樣，離勝利只差一步之遙，卻被火箭隊的那群白痴給摧毀了。
實在是讓人心痛。
【卡露乃：神奇寶貝？不是數碼獸嗎？】
【正輝：絕對不是數碼獸，是神奇寶貝，對這一點我有百分百的信心。】
【赤焰松：難道是固拉多？】
單從背影來看，這隻所謂的幻影神奇寶貝真的很像他們熔岩隊一直在追尋的固拉多。
【火雁：不太可能是固拉多。】
固拉多的出現會伴隨著熾熱的太陽。
要真的是固拉多的話，它出場的那一剎那黑夜就會被驅散，薄霧也會被蒸發。
還有就是固拉多一直以來都是在芳緣地區出沒，其他地區是不可能出現固拉多的蹤跡的。
...
影片繼續——
告別了正輝後，小智他們來到了枯葉市。
在枯葉道館，小智遭受到了一次慘敗，他的皮卡丘在對戰中被馬志士的雷丘徹底壓制，還被打成了重傷。
為了讓皮卡丘能夠戰勝雷丘，寶可夢中心的喬伊小姐拿來了一塊雷之石。
只要讓皮卡丘進化成雷丘，那麼在力量方面它就不會輸給對手了。
只是讓人沒想到的是皮卡丘拒絕了進化，它的驕傲不允許它這麼做，它就要用皮卡丘的形態來擊敗對手，只有這樣才能證明自己。
經過了一段時間的特訓後，小智帶著皮卡丘再一次向馬志士發起了挑戰。
這一次，皮卡丘找到了對付雷丘的方法，靠著速度的優勢，皮卡丘開始在對戰中玩弄雷丘。
比賽最後也以皮卡丘的勝利而告終。
【小茂：呦吼，我要是沒記錯的話，這應該是小智第一個靠實力贏得的道館徽章吧？】
【大吾：原來第一個給小智送溫暖的道館訓練家是馬志士呀。】
小茂和大吾的話把馬志士氣得夠嗆，不過他也沒有辦法反駁，因為兩人說的都是實話。
在枯葉市的港口，小智一行人被武藏、小次郎、喵喵三人騙了聖安奴特號。
在聖安奴特號，小智遇到了一個大叔，在大叔的蠱惑下，他用巴大蝶交換了對方的拉達。
好在最後小智幡然醒悟，又把巴大蝶給交換了回來。
不過也因為交換精靈浪費了時間，小智他們沒有及時逃出被火箭隊毀壞的聖安奴特號，最後小智三人組跟火箭隊三人組一同跌入了大海中。
好不容易從海底逃了出來，還沒有高興太久，拖小次郎的福，他們又一次流落到了一座荒島中。
幾經努力，他們才從那座有著巨大寶可夢的荒島成功逃生。
影片結束。
常磐道館的地下辦公室。
“又是他們三個！”
坂木咬牙切齒得說道。
此刻他恨不得把武藏、小次郎、喵喵三個傢伙給生吞活剝了。
他就說麼
