第十六章 GCCGCCAGTTCC (第1/3頁)
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傍晚,他被接二連三的電話吵醒。三家測序公司全都散發著大號拖延症的氣質,像是約好了一樣,在承諾時效的前一天晚上才和他溝通。
溝通的內容無非就是懷疑樣本被汙染了,所以提前宣告不對測序結果的解讀負責。
盧赫見怪不怪地一頓“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他們都給打發了,隨後郵箱被測序報告塞滿。
他從床上爬起來,穿戴整齊,甚至用梳子蘸水梳了頭髮。
隨後他鄭重地走下樓,走進細胞間,一屁股坐在電腦前,伸手去手撈椅背,把正在忙碌的菜菜一把拽了過來。
“歇會兒歇會兒,陪我吃瓜。”
這次他們率先開啟了基因組原始資料。基準30億個鹼基對,有效分析了30億個鹼基對。Gc含量57%。
怎麼還是這麼高?
兩人的腦袋湊在一起,緊盯著螢幕上緩緩滑過的密密麻麻的字元。這次依然是滿屏的紅和綠,但紅多綠少。
“停!”菜菜指著剛掠過的一段字元驚呼,“你看這段,GccGccAGttcc,這不是終止子嗎?”
盧赫定睛一看,“是啊,這是轉錄終止修飾點,而且是依賴Rho因子[1]的的轉錄終止。”
“終止,好多終止,全是終止!”菜菜又一次驚呼,“停!這段,Gc區[2]下游怎麼沒有tAtA區[3]啊。我只知道組蛋白可以沒有Gc區,這沒有tAtA區的是什麼鬼啊?”
滑鼠繼續翻動,兩人逐漸陷入沉默。
許久之後,盧赫打破了這死寂的氣氛,但從他嘴裡說出的並不是菜菜所期待的正經話。
“真是離譜他媽給離譜開門,離譜到家了。”他邊感慨邊點開了剛剛下載好的線粒體基因,在軟體載入期間合了好幾下眼。
軟體載入完成,線粒體基因沒有太多註釋,可翻了幾下後,兩人還是猶如半截木頭般僵在那裡。從地下室天窗投射出的一縷橙紅色的陽光,緩緩從盧赫的臉上掠過,他連眼睛都沒眨一下。
漸漸的,天色完全暗下來,電腦螢幕上反射出天花板上白熾燈管的輪廓,正好遮擋住螢幕的正中央。
“GGAGGGcGAGGctccGtcctAGccttG。。。”盧赫偏了偏頭,默唸著其中的一段鹼基序列,重啟電腦進了Linux,然後在命令列下快速敲擊。
一頓操作下來,他揉著脖子對著黑色背景下一格一格往前爬的亮白色進度條沉思。一旁的菜菜眯著眼睛念出命令列中的小字:“cRISpR。。。cas。。。Finder?你不會真以為他會有cRISpR系統吧?這太荒誕了。”
盧赫揉亂了自己的頭髮,“葫蘆上藤上結南瓜。咱們搞研究的,總得有點兒想象力吧。”
不一會兒,軟體裝好了。他在命令列敲出一大行命令:perl cRISpRcasFinder.pl -in Stupid_turtle.fna -out Stupid_turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpum 32 -cpup 32 -xr 555 -md 50 -t 50
按下回車鍵後,藏在桌子背面的大機箱嗡嗡地運轉了起來。
“法國人搞出來的開源軟體,能預測cRISpR序列和cas的位置。他究竟是不是大細菌,是什麼樣的大細菌,等會兒一目瞭然。”
他說完戳了戳還在發愣的菜菜,“喂,怎麼還僵著呢。你對新事物的接受能力完全不行啊。看來老呆在這兒幹體力活也不行,回頭你每週給我做兩次文獻彙報吧。記得看最新的,保準跟科幻小說一樣給你看
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