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智進了研究所，展現了驚人的天賦。
當然，這一切都是靠看過神奇寶貝而來的，這大概就是穿越者的福利，但是現實和動漫也有些不同，有一些問題動漫中並沒有解答，所以小智並不知道，也只能每隔兩三天圍著大木博士解惑，每次還都刨根問底。
大木博士看到小智這麼好學，自然有問必答。
大木博士還每天當小茂的面誇小智好學，小茂是又酸又氣，爺爺都沒這麼誇過自己，所以每當小智有不懂的問題問大木博士，他都在旁邊調侃小智。雖然自己不懂，但是能讓小智吃扁，自己就開心。
同時，因為當大木博士比較忙，把小茂寄養在小智家，兩個人的關係愈演愈烈，天天吵架，一見面就是電光眼惡狠狠的盯著對方，因為小智說話方面有點強，小茂也從中學了不少，不過兩個人最愛說的一句話就是，“這可是我的摯愛親朋，手足兄弟，要想讓我搞他，得加錢。”
隨著時光的流逝，少年也即將崛起，他是否能夠解決這次大危機，一切拭目以待。
