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再接下來，便是林雲最為關注的軍隊接收及改編的事情了。說到 底，軍隊才是他得以實現理想的堅實基礎。而且他很不願意看到任何人藉此成為新一代的軍閥。
整編全國軍隊，林雲大致上分成了兩個步驟。
第一步，建立國防軍，由此及下，全國軍隊編為二十個國防軍。由林雲親自出任&ldo;國防軍總司令&rdo;。如果說陸軍部及海軍部是具體執行機構的話，那麼林雲的存在就表明，他所提倡的國家地集權領導，是將其活動的重點放在&ldo;指揮權&rdo;之上。
從此，林雲便開始致力於組建新的軍事指揮機構，提高其權威。他凌駕於陸、海軍之上，將整個中華民國國防軍的行動納入國家最高領導的方針之下。除了&ldo;武裝戰爭&rdo;之外，林雲還將&ldo;總體戰爭&rdo;的其他手段，如國防宣傳、經濟戰爭，乃至全國民防各個領域地領導權，都集中在他一人手中。
第二步，在軍隊的具體編成上，他給蔣百里提出了具體的要求。在這份名為《國防軍建設綱要及實施細則》的檔案中，林雲給出的要求基本如下：每個師從一萬二千人到二萬二千人不等。一個師通常由一位少將統率。兩師或更多的師編為一軍，由一位中將率領。兩軍或更多的軍成為一個集團軍，由一位上將率領。在林雲的要求中，繼續以數字來表示軍隊地番號。集團軍、軍和師都有一個分成四、五個科的參謀部，通常包括後勤、情報、作戰、補給和訓練。
再往下分，一師包括兩個或更多的旅，每個旅由一位準將或旅長統率；一旅代表兩個或更多的團，每團由一位上校管轄；一團等於三個或更多地營，營的首長是一位中校；一營由四個連組成，每連由一位少校或上尉統率；一連由四個排組成，每排由一位中尉指揮。
在這樣的編制中，大部分是由步兵、騎兵和炮兵組成的，但是按照林雲的要求及實際的需要，增設了許多後勤部隊，它們的數量雖然還不及整個師或者軍的一半，但是卻承擔著很多的任務。而按照林雲的設 想，這樣的數目是遠遠不夠的，只有等到技術進一步成熟，工業更加發達的時候，才能訓練並裝備更加專業的後勤部隊。
至於在抗擊八國聯軍和消滅日俄軍隊中立下大功的騎兵，林雲暫時保留了下來。作為一個穿越分子，一個知道飛機大炮坦克的現代人，他深刻的明白，騎兵終究會凋落在越來越現代化的戰爭之中。不過就眼下的技術來看，能夠取代騎兵王者地位的機動性力量還不可能很快出現，（雖然林雲做夢都想有個坦克集團軍群）所以騎兵的建制還是保留下 來，而且，大部分是作為精銳保留在郭松齡的總監察署的名義之下。
而在林雲所直屬的北京近衛軍中，一個騎兵旅包括由九千二百名騎兵和九千八百匹軍馬組成的三個騎兵團。在這個時候，騎兵代表著軍事上的精華。戴著華美頭盔，揮舞著閃著寒光的馬刀衝鋒的近衛軍騎兵，只有密集火力才能加以摧毀。
在炮兵的建設方面，林雲亦投入了相當多的心血。一般來說，師的直屬炮兵團由許多有四門到八門炮的炮兵連組成。三個到四個炮兵連組成一個炮群或炮兵營；兩個或三個炮群等於一個炮兵團。
在這段時間，德國人和奧地利人在大炮方面勝過別國。德國埃森的克虜伯工廠和波希米亞的斯科達工廠，是整個歐洲最傑出的兵工廠。而出於盟友加兄弟的友好關係，林雲所要求的幾個兵工廠也陸續在南京和武漢、奉天開辦起來。
至於海軍方面的建設，林雲決定從根本上加以解決，一方面，他派出大量的留學生赴德、英、美等國學習海軍的專業知識，以解決缺乏人才的燃眉之急。另一方面，以礦石開採權、鐵路建設權等權利為條件，向德國貸款合作開辦了
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