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其後衝突的導火線出人意外。北京城在本朝為大興、宛平兩縣所輯。是年任職的大興縣縣令，因為一件小事責打了太常寺供奉祭祖的樂舞生，而樂舞生有其不可侵犯的地方，責打他們，也就是蔑視祭掃大典。因之這個大興縣令被發交三法司審問。所謂三法司，即刑部、都察院和大理寺三個官署混合組成的法庭，通常只受理覆審。這次所以破例，是由於太常寺提出了冒犯宗廟的重大罪狀。文官們雖然覺得這罪狀近於小題大做，但如果經過三法司這一機構審問，事情可以早日了結。
事情又牽涉到了東廠。東廠下設鎮撫司，凡屬觸犯皇帝的案件和牽涉到官員們的刑事案件，這個鎮撫司同樣具有訊問以至拷打之權。當得知三法司已經受理大興縣令這一案，他們表示不再爭執審訊權，只要求派出兩名錦衣衛校尉出席旁聽，以便把經過情況向皇帝報告。
刑部尚書李世達認為這一案件屬於文官內部的糾紛，用不著東廠錦衣衛的幹預。但是東廠提出要派兩個校尉參加旁聽，他又沒有嚴辭拒絕，而只是託辭推倭，說什麼人犯未齊，尚未審問。及至開庭審問之日，這兩個校尉則給維持秩序的文官所阻擋，不得入內參與分聽。
如是情狀據實報告到皇帝跟前，致使龍顏大怒。萬曆對於大常寺和大興縣的衝突並無興趣，他所以震怒，乃是文官們拒絕校尉旁聽，明明是故意和他過不去，因之已不能對此表示沉默。於是他一面讓宦官口傳聖旨向文淵閣提出質問，一面聲稱他要把這一案件移交東廠鎮撫司審問。這時，首輔申時行又以和事佬的身分出現，勸說李世達向皇帝賠禮道歉。李世達照此辦理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神勝利。可惜的是這精神上的勝利維持的時間未免過短，幾個月之後，文臣們又找到了管理東廠宦官張鯨的差錯，群起而攻之。
檢舉張鯨的奏章中指斥他與某些文官勾結，並且接受賄賂。其所列舉的罪狀看來都鑿鑿有據，只是當時勾結為奸，納賄貪財的一段罪狀也可以加之於許多高階廷臣身上，寫奏呈的人似乎全米計及。張鯨事後感慨，由於他的嘴巴說話太多，所以才招致了那麼多的攻擊，不能算是事出無困。只是根本的原因還是在於機構本身，其職務與文臣的利害相違。萬曆一朝的衝突，文臣佔優勢，與天啟朝廠衛跋扈、提騎氣焰沖天的情形恰為尖刻的對照。
起初，萬曆皇帝還沒有意識到事態的嚴重，他以為對張鯨作一番口頭申斥就足以了事。廷臣見參劾無效，索性一不做二不休，準備參劾全部的大學士。以造成張鯨不除、內閣也別想安生的輿論壓力。由於群情鼎沸，萬曆只好承認失敗，把張鯨免職。據當時接近皇帝的人透露，這件事曾使皇帝大為傷心。但就在張鯨將去未去之時，尚有一個下級官員不知道皇帝已經屈服，竟然又上了一個奏本，說張鯨如此難去，想必是皇帝陛下也接受了他的賄賂。這種無禮的奚落使這位官員捱了六十廷杖，但是年輕的皇帝卻為此而更加心灰意懶。他本來已經對早朝和經筵感到極度厭倦，至此他拿定主意，今後再也不願意公開接見這些不誠實的、口是心非的臣僚了。他隱居在深宮裡，唯一能和他呼吸相通、憂患與共的就是貴妃鄭氏。
多年之後，申時行辭職家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指責自己。他在著作中只是提到了年輕人不知世務，輕舉妄動，以致弄得事情不可收拾。他回憶起在他擔任首輔八年半的時間中，曾經有過一個絕好的機會禁助皇帝成為堯舜之君。此即1585年張居正一案落實之後、1586年初常詢尚未出生之前的幾個月。然而這機緣卻又這樣地短暫，他稍一忽視，就一去而不可再得。
當時的萬曆皇帝真是精神煥發、勵精圖治；對申先生提出的要求也全力以赴，極為難得。在我們形式化的政府中，表面即是實質。皇帝既能熱心參與各種典禮，就充分表示了
