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斯聯邦反間諜局，則從名稱到內容都是完全不同於原安全部的一個機構。根據俄羅斯聯邦反間諜局條例，該局的活動以俄羅斯憲法、法律、聯邦反間諜局條例、國家政權機關的其他法律以及國際條約為準則。主要任務是：獲取並向總統提供關於俄羅斯聯邦安全受到威脅的情報；同恐怖主義做鬥爭，同非法武裝以及侵犯俄羅斯憲法制度的非法成立的或被禁止的團體做鬥爭；發現、預防並制止外國情報機構和組織的顛覆活動；保衛國家機密。隨著該局職能的轉變，其人員編制也削減到原安全部的46％，其中管理機構將從3500人縮減到1500人，安全系統的工作人員將從15萬人削減到萬人。為了“純潔隊伍”，將對原安全部的人員逐個進行審查，削減下來的人被安排到內務部等護法機關。
1993年的調整與改組（2）
在這次大改組中，原安全部的一些組織機構又進一步被肢解，反間諜局僅保留了原安全部“最必要部門”，如反間諜行動局、保衛戰略設施的反間諜活動局、軍事反間諜局、經濟反間諜局、反恐怖局等。同時，俄羅斯還仿效美國的做法，改革了安全系統的指揮體系。反間諜局直接受總統領導，是聯邦執行權力機關的中央機關，而不再是政府的一個部門。
俄羅斯總統對國家安全機關的此番大改組，引起原安全部人員的不滿。反間諜局首任局長戈盧什科公開指出撤銷安全部“損害了俄羅斯的安全”。於是，在反間諜局成立不到3個月的時間內，俄羅斯在國內和國際上接連發生了兩起令葉利欽十分難堪的事。
一件事是當年的2月下旬，美國政府借破獲俄羅斯間諜埃姆斯案大做文章，在國際上鬧得沸沸揚揚。面對美國的攻勢，俄羅斯諜報機構顯得軟弱無力，有關業務部門更是反應遲鈍。過了好幾天，俄羅斯方面才宣佈美國駐俄羅斯使館參贊莫斯（美國中央情報局工作人員）為“不受歡迎的人”；二是國家杜馬透過大赦令後，正當總統代表與國家杜馬主席磋商如何修改大赦令時，被關押的反對派領導人卻從監獄中放出來了，動作之快使葉利欽措手不及。顯然，反間諜局在這件事中“沒有起到應有的作用”。這兩件事使葉利欽頗為惱火，於是又決定走馬換將，罷免戈盧什科，讓42歲的第一副局長斯切帕申接任局長，至於反間諜局是否自此就能順遂總統的心願，則是另一碼事了。
1990年代中後期的改組與調整（1）
進入1990年代中期以後，隨著國內形勢的變化，俄羅斯的諜報與安全系統也一直在不斷地調整和完善。1997年初以來，經過再次重組機構和調配人員後，又出現了不少新的變化。
變化最大的是領導俄羅斯安全與諜報機構的最高層——安全會議，實現“非軍人化”，以打破原來長期由軍人控制安全諜報機構的傳統。
1997年2月初，根據葉利欽總統指示，俄聯邦國家安全會議進行了重要改組。改組的實質問題是將現役軍人和不稱職的成員全部趕走，取而代之的是能力強、訓練有素、經驗豐富、道德品質符合國家重要機關人員標準的高素質人才。其中，包括不少相關機關領域的專家、學者和業績突出的實幹家。目前，國家安全會議的規模較之以前縮小了20％，人員已不足200人。
隨著安全會議的改組，俄羅斯對內安全機構——聯邦安全域性也進行了大規模調整。局內的“處”被“司”取代。冷戰後，俄羅斯國家安全域性是變化最大的部門。1997年5月，在經歷了5次曲折和重大改組後，該局再次進行調整。其舉措主要是將部分職能相近的處室合併後組成大於處小於局的“司”，從而使內部管理機制和人員組合實現“最最佳化”，以利協作和諧、減少推諉。
改組後，該局編制由13個司、一個隔離偵訊所、一個科研中心和2個相對獨立的
