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正當他用心治學的時候，明朝滅亡，清兵南下，江南各地人民都組織抗清鬥爭，顧炎武和他的兩位好友也參加了保衛崑山的戰鬥。崑山軍民跟清軍激戰二十一天後，因為兵力懸殊，終於失敗。崑山城陷落的時候，顧炎武的生母被清兵斫斷了右臂：撫養他成長的嬸母（也是他的繼母），聽到清兵攻破常熟，就絕食自殺，臨死時囑咐顧炎武說：&ldo;我雖然是個女子，以身殉國也是理所應當的。希望你不要做清朝的臣子，我死後也可以團上眼睛了。&rdo;
顧炎武痛哭一場，葬了他的繼母，離開了他的家鄉。他想渡海去投奔魯王，還沒有去成，魯王政權已經覆滅了。顧炎武隱姓改名，在長江南北一帶奔走，想組織一支抗清義軍，但畢竟勢孤力單，沒能成功。
當時，沿海和太湖一帶還有零星的抗清活動，清朝官府防備很嚴，發現有什麼抗清嫌疑的人，就要加上&ldo;通海&rdo;的罪名，打進監獄。崑山有個官僚地主葉方恆，想吞沒顧炎武家的田地，買通顧家的僕人，誣告顧炎武通海。
葉方恆還把顧炎武抓起來，私設公堂，逼他自殺。
顧炎武一些朋友為了搭救他，去找在清朝做官的錢謙益幫忙。錢謙益本來是南明弘光政權的禮部尚書，又是個出名的文學家，清兵下江南的時候，他投降了清朝，名聲不好。錢謙益表示，只要顧炎武承認是他的學生，他願意保顧炎武出獄。那位朋友知道顧炎武不肯那樣做，就自作主張，假造了一張顧炎武的名帖，送給錢謙益求助。
這件事讓顧炎武知道了，直怪那朋友多事，非要把名帖討還不可。朋友不肯討還，他索性在大街上貼告白，宣告那張名帖是假的，弄得錢謙益十分尷尬。
經過朋友們的奔走，顧炎武才被釋放出來。葉方恆還不肯罷休，派人追蹤他。有一天，顧炎武在南京太平門外經過，遭到暴徒襲擊，頭部受了重傷，幸虧有好心人救護，才脫離危險。顧炎武知道，在江南他是呆不下去了，決心到北方去遊歷。
顧炎武到北方去，一來想考察各地的地理形勢，風俗民情；二來也想找機會結交一些志同道合的朋友，進行抗清活動。他在那長途跋涉的艱苦環境裡，並沒有放棄學術研究。一路上，他用兩匹馬、四匹騾子，馱著他的書箱。遇到關塞險要的地方，他就訪問當地的退伍老兵，瞭解那裡的風土人情，如果跟他在書本上讀到的不一樣，就拿出書本核對，這樣他的知識就更豐富了。
顧炎武從四十五歲起，用了二十多年時間，在山東、山西、河北、江南來回奔走，每年差不多有一半時間住在旅店裡。他還曾經和朋友一起，在
雁北開墾荒地。到了晚年，才在陝西華陰定居下來。
顧炎武從小讀書有個習慣，有一點心得就記下來，後來如果發現錯誤，又隨時修改；發現跟古人議論重複的，就刪掉。這樣日積月累，再加上他從調查訪問得到的材料，編成一本涉及政治、經濟、史地、文藝等內容極其廣泛的書，叫做《日知錄》。這書被公認為極有學術價值的著作。在《日知錄》
裡，他寫了一段精闢的話，他認為社會的道德風氣敗壞，就是亡天下，為了保天下不亡，每一個地位低微的普通人，都應負起責任（原文是&l;保天下者，匹夫之賤，與有責焉耳矣！&rdo;&ldo;天下興亡，匹夫有責&rdo;這句名言就是這樣來的）。
跟顧炎武同時代的思想家，還有王夫之、黃宗羲，都是參加過抗清鬥爭，始終不願應召到清朝做官的。他們在學術上都有很大成就，歷史上把他們合稱為清初三先生。
258 文字獄
清朝統治者對明朝留下來的文人，一面採取招撫辦法。一面對不服統治的，採取了嚴厲的鎮壓手段。就在康熙帝即位的第二年，有官員告發，浙江湖
