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政府事，30日，透過軍政府組織大綱13條其第一條，即標明軍政府的作用，只是為了“戡定叛亂”恢復“臨時約法”，沒有其他更多的政治內容。在大綱中又規定軍政府設大元帥一人和元帥二人，並確定了各部組織。
9月1日，開會選舉。出席91人，孫中山以84票當選為大元帥；次日又選陸榮廷和唐繼堯為元帥。9月10日孫中山宣誓就職。唐、陸兩人因只反對段祺瑞，而始終承認北京政府，所以未就職。
軍政府的成立，其目的是為了“護法”。非常國會致大元帥書，標明瞭軍政府的目的是使民國危而復安，約法廢而復續；孫中山在誓詞中，也表示“攘除奸兇，恢復約法”但事實上軍政府並沒有發揮這樣的作用，因為當時實力掌握在桂系軍閥陸榮廷、陳炳焜籌手中，他們根本不想做任何與人民有一點利益的事情。
護法戰爭開始後不到3個月，北京政府和軍政府的內部發生了分裂。
北京政府原來包括直、皖兩系的軍閥勢力。直、皖兩系分裂的種子早就包含在北洋軍集團內部，袁世凱死後，這種分裂日益表面化了，它具體表現在段祺瑞和馮國璋之間的分裂。
在北洋軍閥內部發生分裂的同時，軍政府內部孫中山和西南地方軍閥的矛盾也日益尖銳。
孫中山在領導軍政府時，除了擁護的一部分海軍外，沒有其他武裝力量。軍政府所在地主要兵力，操在桂系年閥陸榮廷和莫榮新手中，孫中山不但不能調動他們來護法，而且還不時遭到襲擊。1918年2月，孫中山領導海軍的程壁光被刺死，表明了孫中山這一點海軍力量都不為軍閥所容。
孫中山不承認北京政府的合法地位；地方軍閥則僅不承認段祺瑞任國務總理，對於馮國璋任大總統不表示反對。同時南方軍閥唐繼堯、陸榮廷和馮國璋都受英美帝國主義的支援，這樣也使他們較容易地聯結起來，共同反對親日派的段祺瑞。這些軍閥對於軍政府並不是真心擁護，對於護法也並不想真心實現，他們只是借這些題目向北方軍閥爭取權利。當他們準備勾結北方軍閥，開闢“南北議和的道路時，還保持###革命派色彩，而主張堅決反對北洋軍閥的孫中山，就成為他們的障礙物而要設法加以排擠了。
非常國會的那些議員們與北方新國會的議員，同樣是無恥地求靠軍閥政客，他們是借“護法”來升官發財。他們接受了軍閥的指使，提議改組政府，藉以排斥孫中山，把原來的大元帥改為總裁制，以削弱孫中山的權力。新的總裁有7人，即：孫中山、伍廷芳、唐紹儀、唐繼堯、陸榮廷、林葆懌、岑春煊。孫中山雖然包括在內，但主要權力則為桂系軍閥所控制。
孫中山處於無法再堅持下去的局面了。1918年5月4日，孫中山辭去大元帥職。“護法運動”使孫中山又獲得一次極大的教訓，他進一步認識到無論什麼派系軍閥，其本質都一樣，得出了“南與北如一丘之貉”的結論。不久孫中山離粵赴滬。7月5日，南北軍閥妥協的產物——改組後軍政府宣告成立。孫中山所參與的“護法運動”中的活動，終於在軍閥的排斥下遭受失敗。
孫中山在失敗後曾經敘述了自己的願望，也表露了沉痛的心情。他說：“民國政權已操於官僚盜賊之手。……蓋民國之名雖存而其實亡久矣。文竊痛之！當發憤欲為民國一清官僚盜賊之害，以樹立真正之共和。”他感到在軍政府時期，“艱難支撐，一年之久，孑然無助。徒為親厚所痛，仇籌所快，終至於解職而去。”他也想到有重整組織的必要，但是對於如何避免錯誤，達到目的，則仍然沒有什麼具體辦法。雖然在1919年10月把中華革命黨改為國民黨，但是也還不能進行什麼有力的活動。
1919年8月7日，孫中山在上海通電辭去總裁一職，並宣告自辭職之日起，以後軍政府
