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上海方面立即組織了以黃郛為主裁，王寵惠、伍廷芳為承審官的特別法庭，報請北京政府批准。黃郛和王寵惠均為國民黨人，伍廷芳是前南京臨時政府司法總長，與孫文關係密切，所以這個所謂的特別法庭，實際上是國民黨單方面的特別法庭。
宋教仁是國民黨黨首，哪怕是出於迴避的考慮，此案也不能由國民黨單方面進行審理，所以這樣的特別法庭，北京政府自然不予同意。司法部於十七日回電，否決了特別法庭的提議，命令由上海地方檢察廳全權審理此案。
然而十八日這天，上海地方檢察廳忽然接到程德全的命令，將武士英轉押至關押應桂馨的六十一團兵營。地方檢察廳甚為不滿，派人前去詢問程德全，得到的回覆是：&ldo;為組織特別法庭，故不得不與上海固有司法機關脫離關係也。&rdo;此舉等於是先斬後奏。地方檢察廳沒有辦法，武士英就此被押往六十一團兵營進行關押。
二十一日，程德全再次致電袁世凱，強調組織特別法庭的必要性。袁世凱回電解釋說，司法總長許世英一再力爭，拒絕副署，所以他無法宣佈該項命令。許世英也在另一份回電中提出折衷方案，此案仍由上海地方檢察廳負責，不過由伍廷芳暫署上海地方審判長進行審理。國民黨方面卻不肯接受。
就在南北雙方互不相讓之時，此案的關鍵人物武士英卻在六十一團兵營裡離奇暴斃。
六十一團是由陳其美、黃郛等人組建的前滬軍第二師第五團整編而來，團長陳其蔚與陳其美私交甚厚，可以說，六十一團是處於陳其美的絕對控制之下。然而在看守如此嚴密的六十一團兵營裡，武士英卻在二十四日上午九點多鐘突然死亡，事後查悉，他是吞下了火柴頭而死。上海地方檢察廳原定於二十五日組織第一次預審，誰料到此案最為關鍵的人物武士英卻在預審的前一天暴斃而亡。
武士英在法租界捕房拘留所關押時沒有出問題，移交上海地方檢察廳關押時也沒有出問題，可交由六十一團兵營關押後卻突然死亡，而且不偏不巧，正好死在地方檢察廳第一次預審的前一天。雖然六十一團方面給出的結論是武士英吞下火柴頭畏罪自殺，但上海不少輿論卻懷疑武士英是被人下毒，殺人滅口。
武士英一死，&ldo;刺宋案&rdo;就此變得撲朔迷離。
迷霧重重
從&ldo;刺宋案&rdo;發生，到武士英離奇死亡，前後共計一個月的時間。
在這一個月裡，一件兇手被緝、證據確鑿的並不複雜的刺殺案，卻越審越亂，始終沒有審出一個確切的結論。
雖然庭審沒有得出確切結論，但國民黨方面卻抓住這段時間，透過真假難辨的輿論宣傳，將&ldo;刺宋案&rdo;的幕後主使指向袁世凱。
袁世凱的確有刺殺宋教仁的動機。
宋教仁組建國民黨，主張政黨內閣，矛頭直指袁世凱，袁世凱自然是知道的。第一次國會選舉結束後，選舉的結果是國民黨大獲全勝，這對袁世凱無疑是一個沉重的打擊，因為國民黨若以合法手段取得政權，將會極大地限制他的總統權力。為了收買宋教仁，袁世凱曾託人贈五十萬元給宋教仁，但宋教仁卻全數退回。收買不成，繼而採用極端的暗殺手段，將政壇勁敵除去，這在邏輯上是說得通的。
除了動機，袁世凱被懷疑為&ldo;刺宋案&rdo;的幕後主使，還有相關的實物證據。
應桂馨與洪述祖的往來電報從應桂馨的家裡被搜出，也在上海電報局找到了底稿。電報上的內容每一條都與刺殺宋教仁有關，而洪述祖則是內務部秘書，是國務總理趙秉鈞的人，也即是袁世凱的人。在應桂馨發給洪述祖的電報中，多處出現&ldo;乞轉呈&rdo;&ldo;望轉呈&rdo;等詞，顯然洪述
