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木葉隱村突然遭到九尾妖狐的襲擊， 四代火影波風水門犧牲生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當做妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴人為了得到大家的認同而不斷在村裡搞惡作劇，以引起人們的注意。鳴人的目標是成為村子裡最偉大的忍者“火影”，讓所有人認同他的存在。
在忍者學校是萬年吊車尾的鳴人，終於得到伊魯卡老師的認同而順利畢業，並和同期畢業生佐助、小櫻分配到同一小組。指導上忍卡卡西為了培育鳴人他們的團隊合作精神而在生存訓練中設下各種考驗，最終判定他們合格，也使得鳴人他們學習到了團隊合作的重要性。
卡卡西小組收到任務，保護造橋專家達茲納回到波之國。但在任務途中，他們遭到霧隱村的叛忍桃地再不斬的攻擊，這也成為了他們的第一次實戰。眾人在戰鬥中各自都有所成長，也瞭解到了忍者世界的殘酷性。
鳴人他們完成任務回到村子，卡卡西推薦他們參加即將舉辦的中忍考試。考試會場中強手雲集，而在考試過程中，鳴人他們遭到原屬木葉隱村、已經叛離村子的大蛇丸的攻擊，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。之後，鳴人和佐助順利透過預選賽，併為即將到來的正式考試作準備。鳴人得到木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是受到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在暗地裡醞釀著陰謀，那就是聯合砂隱村一同襲擊木葉。鳴人在正式考試的第一場擊敗了自稱天才的日向寧次，向大家證明了自己的實力。但在考試中途，音忍和砂忍們開始向木葉隱村發動攻擊，考試也被迫中止。大蛇丸向第三代火影發起挑戰，在一場激戰過後，第三代火影犧牲，而大蛇丸也付出了失去兩隻手臂的代價，被迫撤退。鳴人則與砂隱村派來的“兵器”我愛羅交手，併成功打敗了我愛羅。
木葉隱村由於大蛇丸的陰謀而受到極大的損傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬突然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經誅滅宇智波一族而離開村子，這次他與霧隱村的幹柿鬼鮫一同來到木葉，似乎是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是受到名為“曉”的組織的命令。佐助得知鼬回到村子，向鼬發起挑戰，但卻遭到慘敗。此後，自來也為了尋找新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫助鳴人修行，而和鳴人一起外出尋找綱手的下落。
大蛇丸找到綱手，希望她能治療自己的雙手，並提出可以讓她再次見到她最重視的兩人的條件。綱手為此猶豫不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴人為了成為火影的夢想而刻苦修行的樣子，也逐漸改變了想法。之後綱手拒絕了大蛇丸的請求，昔日的三忍兵刃相見，鳴人也終於練成了自來也所傳授的螺旋丸，重創大蛇丸的部下兜。最後大蛇丸離開木葉被逼退，綱手跟隨自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。
佐助因為鳴人實力的飛速成長而感到焦慮，這時大蛇丸的使者音忍五人眾前來說服他離開木葉前往音隱村。佐助為了得到最強的力量以向鼬復仇，而離開了村子去找大蛇丸。鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追趕佐助，途中分別與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰鬥，期間得到了砂隱村援軍的助力，好不容易才將敵人一一擊敗。鳴人追上了佐助，但佐助不打算回到村子，兩人在終末之谷使出渾身解數展開激戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助手下而沒能挽留佐助。之後鳴人為了變強而與自來也外出修行。
