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十萬年前的一場聖戰，冥王和雪皇相繼被封印。七大平行宇宙迎來了十萬年的平靜。
十萬年過去了，冥王將在七天後甦醒，屆時，七大平行宇宙將迎來一場末日浩劫。為了阻止這場浩劫，四位滿懷信念的超獸戰士義無反顧地踏上消滅冥王之路。可惜，當他們要出手毀滅冥王的一刻，也正是冥王完全甦醒的時候。
超獸戰隊全部被冥王打入玄冥黑洞的內部，在逆境中大家遇到雪皇等人，眾人合力一起衝出了玄冥黑洞。
冥王和雪皇兩個宿敵展開激戰，即將同歸於盡之際，幾位超獸戰士出手相救，卻被捲入蟲洞，意外回到十萬年前，他們面對著自己不為己知的過去，作為超獸戰士的信念逐漸崩潰，他們必須重拾信念，認識自己真正的使命。
在超獸武裝的世界觀裡，總共存在著七個互相平行的宇宙。這些平行宇宙之間有著高度的相似性，在其他的平行宇宙中可能會存在與自己的平行宇宙一模一樣的個體，但平時七大平行宇宙之間只能透過蟲洞來進行相互穿越，並且蟲洞會存在非常巨大的引力，可以毀滅一切外來物質，所以需要有很強的承受能力才可以穿越各個平行宇宙。
而每隔十萬年，七大平行宇宙就會因為自身強大的引力而聯通在一起，並持續七天的時間，在這七天之內，只要有足夠強大的異能量，就可以穿梭於各個平行宇宙之間，而不需要再侷限於透過蟲洞來穿越各個平行宇宙。七天之後，七大平行宇宙就會再次分離，在這期間，誰的信念足夠堅定和強大，誰就可以進入永恆輪迴，而信念最強者甚至能將他的信念灌輸到七大平行宇宙，從而達到統治世界的目的。
第一宇宙
火麟飛、苗條俊和玄易子所存在的世界，天羽也在這個世界長大，在這個世界主要生活著人類。這裡也出現了與其他超獸戰士完全相同的個體，包括天羽、龍戩、泰雷、夜凌雲、風耀、風影、baboo、龍瑩等等，驗證了各個平行宇宙之間有著極大的相似性的理論。
第二宇宙
龍戩所存在的世界，冥界四大護法之一的蠍子王龍瑩也歸屬於此。在這個世界生活著龍族，龍族又分成了白龍族和青龍族。十萬年前龍族爆發了內戰，白龍族被青龍族滅絕；十萬年後，白龍族最後的遺孤龍瑩又將青龍族滅絕。
第三宇宙
泰雷所存在的世界，冥界四大護法之一的鯨鯊王也歸屬於此。這裡的地球是一個沙漠星球，並且社會制度還停留在奴隸制，在這個世界生活著金象族和鯨鯊族。十萬年前金象族佔據著統治地位，並且有第七平行宇宙的白虎族部隊作為支援，鯨鯊族則作為奴隸階層。後來鯨鯊王在泰雷和元正的幫助下，帶領鯨鯊族奴隸成功地推翻了金象族的統治，使鯨鯊族和金象族暫時處於平等地位。十萬年後鯨鯊族已經轉而佔據了統治地位，金象族變成了奴隸階層，鯨鯊王則成為了冥界四大護法之一。
第四宇宙
夜凌雲所存在的世界，這裡的地球的地理環境非常特殊，磁場會頻繁的交換兩極，從而產生強大的電磁干擾，會對來自其他平行宇宙的戰士進入超獸武裝狀態產生影響。在這個世界生活著雲蝠軍團，也是歸屬於冥界的族群勢力之一。十萬年前，雲蝠軍團是七大平行宇宙中個體作戰能力最弱的部隊，此時夜梟子是雲蝠軍團的領袖，後來夜凌雲奪取了領袖位置，並使雲蝠軍團練習了巨能雲蝠陣。十萬年後，雲蝠軍團已經成為七大平行宇宙中戰鬥力最強的部隊，夜凌雲也成為了冥界四大護法之一。
第五宇宙
冥王所存在的世界，天羽、獅王也歸屬於此。這裡的地球又被稱為冥界，地理環境極其惡劣，並且存在著一股很強的黑暗引力，除了放鬆身體化解這股引力之外，就只有強者才能夠掙脫引力的吸引。在這個世界主要生活著狼族
