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設立好七個營後，仇天行又新設了兩個軍，第一軍和第二軍。其中第一軍駐地浙江，麾下有三營和九營，第一軍軍長由三營營長張承武兼任。第一軍主要面臨的敵人是來自浙南的朱以海和金礪以及福建的耿繼茂和朱成功等部。
第二軍駐地金陵以西的六安府、廬州府、安慶府、池州府、徽州府和寧國府一帶。第二軍麾下有五營、七營和八營，軍長由五營營長張連生兼任。第二軍面臨的敵人主要是江西的吳三桂部和湖北的新順勢力。
第一軍和第二軍都沒有設立軍級的訓導官，而且軍長職務也是暫時設立而已，並沒有設定軍級的級別。如今保安團除了仇天行外，最大的級別就是部長級別，部級以上就沒有了。所以無論是張承武還是張連生本職都是營長，其軍長只是方便管理軍隊而已。
而近衛營和十營並沒有合併成一個軍。近衛營留一個縱隊守衛金陵，其餘兵力分佈在太平府、和州、滁州、鎮江府、常州府、蘇州府和松江府、太倉州等地。十營不僅僅駐紮在揚州，還要分兵守衛通州和海門廳。
為了保衛長江入海口的安全，避免敵人從海路進入長江直接進犯金陵，近衛營和十營在海門廳和太倉州布有重兵。並且，因為保安團沒有海軍，所以便在近衛營和十營麾下新設了若干縱隊大隊的水師編制。
這一番佈局下來，保安團總部的重兵便雲集在西線、南線和東線，顯得中間空虛的態勢。
兵力分散不集中也是兵家大忌，最好的辦法就是集中所有力量一路衝擊，這樣便可以一路橫掃南方豪雄。但是仇天行也是有苦難言，先不提百萬大軍千里遠征的錢糧軍資怎麼解決，就是打下了那些地盤又如何完整的納入治下？防禦還鄉團的留守兵力夠不夠？幹部數量夠不夠？前提投入的錢糧夠不夠？自己拉長戰線敵人收縮兵力又怎麼防禦那回縮後的重擊？北方的韃子還管不管了？一營、二營和四營還支援不支援了？若是錢糧軍資全部集中向南，北方三個營擋不住了，韃子南下該怎辦？
這一切都是仇天行頭疼的事情，所以他也不敢盡起大軍傾力向南，只得老老實實的先消化地盤，然後……然後再說。保安團打江山與其餘勢力不同，人家大旗所向，士紳爭相投降，縣下就靠投靠計程車紳地主們的自治了。論人力成本，挺節省的，論錢糧收穫，嗯，挺浪費的。不過那打江山的速度就快了，運氣好點的幾年就能坐天下了。不過保安團打江山是在一塊塊的耕地，然後將地裡的雜草一一拔出，這樣的速度就慢得多了。好在仇天行很有耐性，他還年輕，他不急。相比於疾風驟雨似的一統天下，仇天行更喜歡像菌落一樣向外慢慢蠶食地盤。
只是仇天行想待在家裡安安穩穩的消化勝利果實，可是南方豪雄們卻不給他機會。
根據軍情處的湖南科、福建科、廣西科和貴州科報來的情報，似乎他們的結盟速度在加快了。
於是，趁著敵人還沒有攻擊的時候，仇天行命令軍隊儘快適應新的編制，以便更快的恢復戰鬥力。並且在新編制安排下去不足半月時間，爵位制度正式推出來了。
如今軍中許多人都立過功勞，大大小小的二等功三等功也獲了不少。這些東西雖然在升職提幹推薦進軍校時有用，但是怎麼著也沒有爵位來的體面。因為隊伍整編的事情稍微折損計程車氣也因此恢復了一些。畢竟四個營整編成七個營，這升官的多，不升官的更多。而且這次整編幾乎是將部隊全部打散，從中隊開始就全部打亂了，再加上許多部隊都調離了原本駐紮數年的軍營，這也比較損傷士氣。不過，當爵位制度真正頒佈後，一些軍官獲得了爵位變得士氣高昂起來，而尚未獲得爵位卻距離不大的軍官們也開始掰著手指算著功勳值積分，算算自己還差幾次功勞就可以得到爵位了。至於小兵們則看著自己的上級們紛紛受爵了
