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1901年11月20日，把山東巡撫任內諸事交待完畢。次日兼程北上。26日行抵高陽，護理直督周馥也派人攜總督大印到達。由於當時天津為八國聯軍所佔領，尚未交還中國，袁於次日到保定走馬上任。
1902年1月，清政府任命袁兼參預政務大臣，練兵大臣，代替死去的李鴻章。這又為袁擴充軍隊創造了有利的條件。
1902年2月，袁世凱令人在小站制定的募兵章程的基礎上修訂了招募練新軍章程19條，規定條件為：年苓20至25歲；力大平舉100斤以上，身高四尺八寸以上；每小時能行10公里，報明三代人口和地址。兵員必須由莊長保舉擴充。
按照上述要求，1902年2月袁派王英楷、王士珍等人到直隸、正定等處會同地方官精選了6000壯丁。6月又把軍隊分為常備兵、續備兵、後備兵三種。服現役的稱為常備兵，當差三年，支給全餉。三年後退伍回家，列為續備兵，每月支付餉銀一兩，平時在家各就其業，每年10月操練一次，以一個月為期，操練時發給全餉，再三年列為後備兵，月餉為續備兵的一半，每隔一年操練一次，四年期滿，退為平民，停止月餉。若有戰事，就徵調續備兵、後備兵入伍。常備兵平時編制以兩鎮為一軍，每鎮轄步隊二協（旅）、馬隊一標（團），全鎮共12512人。把先徵募的6000人訓練後，編為常備兵第一鎮（後改為第二鎮）。
袁世凱在保定創設軍政司，作為軍的負責機關，自兼督辦，下設兵備、參謀、教練三處，委任劉永慶、段祺瑞、馮國璋為總辦。從此，他訓練的新軍改為北洋常備軍（此即北洋軍的由來）。
1902年12月6日，清政府命令從八旗兵丁中，精選3000人交袁世凱訓練。次年6月該鎮練成（此即後來的北洋第一鎮）。
1904年袁在山東、河南、安徽招募壯丁，訓練成第三鎮和第四鎮。1906年又從武衛右軍先鋒隊中抽選六七成和招募部分壯丁改編為第五鎮，把武衛右軍及自強軍並編為第六鎮。至此，北洋軍六鎮的編練計劃全部完成，鎮的編制官（相當於師長）。北洋六鎮，只有第一鎮是滿人擔任統制官，其餘五鎮的統制、協統、統帶的官員均為小站時的舊班底，形成了一個龐大的北洋軍閥集團。
1906年以後，隨著革命排滿運動的日益擴大，立憲思潮興起，一部分滿族親貴疑忌心很重，對漢族官員亦不甚信任。這時袁世凱已經訓練完北洋六鎮常備軍，手握重兵，身兼多職，權傾朝野，黨羽成群；這時有人把天津稱為“第二政府”（因袁坐鎮天津），北京政府諸人皆為傀儡。滿族親貴把袁世凱看作一個危險人物，促使清廷削去其權柄。
1906年11月6日，清廷釋出中央官制上諭，其中一條是把兵部改為陸軍部，以練兵處等併入。任命鐵良為陸軍部尚書，掌握中央軍權。陸軍第一鎮本是旗兵兵丁，應為陸軍部管轄。第三鎮駐紮保定和錦州，第五鎮駐在山東，第六鎮駐紮在北京近郊，現在未設軍統，亦應歸陸軍部直接管轄。可是袁無意交出兵權，因此說二、四兩鎮防區在直隸境內，八國聯軍“尚未盡撤，大局尚未完全安定；直境幅員遼闊，控制彈壓須賴兵”，請求仍歸自己“統轄督練，以資策應”。袁這時###痛割愛交出四鎮兵權，辭去兼職。20日，清廷批准袁辭去兼職，對袁所請統轄督練所有二、四兩鎮，同意各軍均應歸陸軍部統轄，所有二、四兩鎮暫由該督調遣訓練。並馬上派滿族將軍鳳山任練兵會辦大臣，接管袁交出的北洋四鎮。北洋軍是袁的主要力量，清廷這一舉動，無疑是對他一個重大的打擊。
1908年11月3日，慈禧在頤和園度過了七十四歲的壽辰，患了痢疾，臥床不起，她突然聽到一個驚人的訊息，袁世凱要廢掉光緒，擁立載振為帝。對這個未經證實的消
